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[Linux操作系统]Ubuntu 下 LAMMPS 的安装与配置详解|ubuntu lammps安装教程,Ubuntu LAMMPS 配置

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本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装与配置LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)的步骤,从软件安装到环境配置,为用户提供了一步一步的教程,助力科研与工程模拟计算。

本文目录导读:

  1. 安装前的准备
  2. 下载LAMMPS源代码
  3. 编译LAMMPS
  4. 配置LAMMPS
  5. LAMMPS使用示例

LAMMPS(Large-scale AtoMic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款开源的分子动力学模拟软件,广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域,在Ubuntu操作系统下安装和配置LAMMPS,可以充分利用Linux系统的高效性能,本文将详细介绍在Ubuntu环境下安装和配置LAMMPS的步骤。

安装前的准备

1、安装Ubuntu操作系统

确保你的计算机上已经安装了Ubuntu操作系统,如果没有,可以访问Ubuntu官网下载最新的ISO镜像文件,并按照官方教程进行安装。

2、安装编译工具

在终端中输入以下命令,安装编译工具:

sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential

3、安装依赖库

LAMMPS依赖于一些外部库,如.fftw3、libjpeg等,输入以下命令安装这些依赖库:

sudo apt-get install fftw3 libjpeg-dev

下载LAMMPS源代码

1、访问LAMMPS官网(https://lammps.sandia.gov/),下载最新版本的源代码,本文以稳定版本3Mar2021为例。

2、将下载的文件解压到指定目录,

tar -zxvf lammps-3Mar2021.tar.gz -C /home/username/lammps

编译LAMMPS

1、进入LAMMPS源代码目录:

cd /home/username/lammps/lammps-3Mar2021/src

2、编译LAMMPS:

make yes-mpi
make yes-serial
make

3、编译完成后,在src目录下会生成lammps可执行文件。

配置LAMMPS

1、创建LAMMPS配置文件

在lammps源代码目录下创建一个名为lammps参数的文件,输入以下内容:

lammps < in.lammps

in.lammps为LAMMPS输入文件。

2、运行LAMMPS

在终端中输入以下命令运行LAMMPS:

./lammps < lammps参数

LAMMPS使用示例

以下是一个简单的LAMMPS输入文件示例:

units           lj
atom_style      atomic
boundary        p p p
lattice         fcc 4.0
region          box block 0 10 0 10 0 10
create_box      1 box
create_atoms    1 box
mass            1 1.0
neighbor        2.0 bin
neighlist       2.0 bin
fix             1 all nve
dump            1 all atom 10 dump.lammps
run             100

该示例用于模拟一个简单的FCC晶体的生长过程。

本文详细介绍了在Ubuntu环境下安装和配置LAMMPS的步骤,通过编译和配置LAMMPS,用户可以在Linux系统上高效地进行分子动力学模拟,希望本文对您有所帮助。

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