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本文介绍了在Ubuntu 18系统中安装与配置GROMACS的详细步骤。通过遵循指南，用户可以轻松地在Ubuntu环境下搭建GROMACS，为分子动力学模拟提供强大支持。
本文目录导读：
GROMACS是一款高性能的分子动力学模拟软件，广泛应用于生物物理、化学、材料科学等领域，在Ubuntu系统中安装GROMACS，可以让我们充分利用Linux系统的高效性能进行分子动力学模拟，本文将详细介绍在Ubuntu系统中安装GROMACS的步骤。
安装前的准备工作
1、更新系统软件包
在安装GROMACS之前，首先需要确保系统软件包已经更新到最新版本，打开终端，输入以下命令：
sudo apt update sudo apt upgrade
2、安装依赖软件
GROMACS安装过程中需要一些依赖软件，我们可以使用以下命令安装：
sudo apt install gfortran libopenmpi-dev libfftw3-dev libfftw3-3
下载GROMACS源代码
1、访问GROMACS官网（https://www.gromacs.org/），在“DownlOAd”页面找到最新的稳定版本。
2、下载源代码压缩包，gromacs-2021.2.tar.gz。
3、将下载的压缩包移动到Ubuntu系统的合适位置，/home/username/softwares/。
编译与安装GROMACS
1、解压源代码压缩包：
tar -zxvf gromacs-2021.2.tar.gz
2、进入解压后的目录：
cd gromacs-2021.2
3、创建一个构建目录并进入：
mkdir build && cd build
4、配置编译选项：
cmake ..
5、编译GROMACS：
make
6、安装GROMACS：
sudo make install
配置环境变量
为了方便使用GROMACS，我们需要将GROMACS的安装路径添加到环境变量中，打开终端，输入以下命令：
nano ~/.bashrc
在打开的文件中，添加以下内容：
export PATH=/usr/local/gromacs/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/gromacs/lib:$LD_LIBRARY_PATH
保存并关闭文件，然后在终端中输入以下命令使环境变量生效：
source ~/.bashrc
测试GROMACS安装
在终端中输入以下命令，查看GROMACS版本信息：
gmx --version
如果返回了正确的版本信息，说明GROMACS已经成功安装。
本文详细介绍了在Ubuntu系统中安装GROMACS的步骤，包括更新系统软件包、安装依赖软件、下载GROMACS源代码、编译与安装GROMACS、配置环境变量以及测试安装，通过这些步骤，我们可以顺利地在Ubuntu系统中安装并使用GROMACS进行分子动力学模拟。
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