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本文详细介绍了在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)的步骤。指南涵盖从系统要求、安装依赖项到编译和运行LAMMPS的完整过程,为openSUSE用户提供了实用的操作教程。
本文目录导读:
在科学计算领域,LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)是一款强大的分子动力学模拟软件,本文将详细介绍如何在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS,帮助读者顺利搭建起自己的分子动力学模拟环境。
openSUSE系统简介
openSUSE是一款自由且开源的Linux操作系统,以其稳定性、安全性和易用性著称,它提供了丰富的软件仓库,可以方便地安装和管理各种软件。
LAMMPS简介
LAMMPS是一款开源的分子动力学模拟软件,适用于原子、分子和聚合物的模拟,它支持多种势函数,能够模拟多种物理过程,如固态、液态、气态以及生物分子系统等。
安装openSUSE系统
在安装openSUSE系统之前,请确保您的计算机硬件满足以下要求:
1、至少2GB内存
2、至少20GB硬盘空间
3、64位处理器
安装步骤如下:
1、下载openSUSE安装镜像
2、制作启动U盘
3、开启计算机,选择从U盘启动
4、按照安装向导完成安装
安装LAMMPS
1、更新系统软件包
在安装LAMMPS之前,首先确保系统软件包是最新的,打开终端,输入以下命令:
sudo zypper refresh sudo zypper update
2、安装编译工具和依赖
LAMMPS的编译需要一些基本的编译工具和依赖,如GCC编译器、MKL数学库等,使用以下命令安装:
sudo zypper install gcc gcc-c++ make intel-mkl
3、下载LAMMPS源代码
访问LAMMPS官方网站(https://lammps.sandia.gov/),下载最新版本的源代码,将下载的文件解压到指定目录。
4、编译LAMMPS
在解压后的LAMMPS源代码目录中,执行以下命令:
make yes-all make
编译完成后,LAMMPS的可执行文件将位于src
目录下。
5、配置LAMMPS
为了更好地使用LAMMPS,我们需要对其进行配置,以下是配置LAMMPS的步骤:
(1)打开LAMMPS的可执行文件所在目录,输入以下命令:
cd src
(2)运行以下命令,生成LAMMPS的配置文件:
make yes-opt make yes-mpi make yes-kokkos make yes-user-mpi make yes-user-omp make yes-user-mesontwist make yes-user-mesontwist-mc make yes-user-external make yes-user-fsph make yes-user-reax make yes-user-awpmd make yes-user-smd make yes-user-colvars make yes-user-quip make yes-user-molmodel make yes-user-morse make yes-user-meam make yes-user-mdi make yes-user-misc make yes-user-ncf make yes-user-voronoi make yes-user-yaff make yes-user-ffield make yes-user-meamcuda make yes-user-meamcuda-opt make yes-user-meamcuda-kokkos make yes-user-meamcuda-mpi make yes-user-meamcuda-omp make yes-user-meamcuda-kokkos-mpi make yes-user-meamcuda-kokkos-omp make yes-user-meamcuda-kokkos-opt make yes-user-meamcuda-kokkos-mpi-opt make yes-user-meamcuda-kokkos-omp-opt make yes-user-meamcuda-kokkos-mpi-omp make yes-user-meamcuda-kokkos-mpi-omp-opt
(3)运行以下命令,编译LAMMPS:
make
(4)将LAMMPS的可执行文件移动到便于访问的目录,如/usr/local/bin
:
sudo cp lmp_ /usr/local/bin/
6、验证LAMMPS安装
在终端输入以下命令,运行LAMMPS:
lmp_
如果LAMMPS能够正常运行并显示版本信息,则表示安装成功。
LAMMPS使用示例
以下是一个简单的LAMMPS使用示例:
1、创建一个名为lammps_input.txt
的输入文件,内容如下:
units metal atom_style atomic boundary p p p neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 5 every 1 check yes read_data data.lammps pair_style lj/cut 2.5 pair_coeff * * 1.0 1.0 2.5 velocity all create 300 123456 fix 1 all nve thermo 10 dump 1 all atom 10 dump.lammps run 100
2、运行LAMMPS:
lmp_ -in lammps_input.txt
LAMMPS将根据输入文件执行分子动力学模拟,并在终端输出相关信息。
本文详细介绍了在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS的步骤,通过遵循上述步骤,您可以顺利搭建起自己的分子动力学模拟环境,开展相关研究。
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本文标签属性:
openSUSE LAMMPS 配置:opensuse 15.2