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[Linux操作系统]openSUSE系统中LAMMPS的详细配置指南|opensuse使用教程,openSUSE LAMMPS 配置

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本文详细介绍了在OpenSUSE系统中安装和配置LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)的步骤。指南涵盖从系统要求、安装依赖项到编译和运行LAMMPS的完整过程,为openSUSE用户提供了实用的操作教程。

本文目录导读:

  1. openSUSE系统简介
  2. LAMMPS简介
  3. 安装openSUSE系统
  4. 安装LAMMPS
  5. LAMMPS使用示例

在科学计算领域,LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)是款强大的分子动力学模拟软件,本文将详细介绍如何在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS,帮助读者顺利搭建起自己的分子动力学模拟环境。

openSUSE系统简介

openSUSE是一款自由且开源的Linux操作系统,以其稳定性、安全性和易用性著称,它提供了丰富的软件仓库,可以方便地安装和管理各种软件。

LAMMPS简介

LAMMPS是一款开源的分子动力学模拟软件,适用于原子、分子和聚合物的模拟,它支持多种势函数,能够模拟多种物理过程,如固态、液态、气态以及生物分子系统等。

安装openSUSE系统

在安装openSUSE系统之前,请确保您的计算机硬件满足以下要求:

1、至少2GB内存

2、至少20GB硬盘空间

3、64位处理器

安装步骤如下:

1、下载openSUSE安装镜像

2、制作启动U盘

3、开启计算机,选择从U盘启动

4、按照安装向导完成安装

安装LAMMPS

1、更新系统软件包

在安装LAMMPS之前,首先确保系统软件包是最新的,打开终端,输入以下命令:

sudo zypper refresh
sudo zypper update

2、安装编译工具和依赖

LAMMPS的编译需要一些基本的编译工具和依赖,如GCC编译器、MKL数学库等,使用以下命令安装:

sudo zypper install gcc gcc-c++ make intel-mkl

3、下载LAMMPS源代码

访问LAMMPS官方网站(https://lammps.sandia.gov/),下载最新版本的源代码,将下载的文件解压到指定目录。

4、编译LAMMPS

在解压后的LAMMPS源代码目录中,执行以下命令:

make yes-all
make

编译完成后,LAMMPS的可执行文件将位于src目录下。

5、配置LAMMPS

为了更好地使用LAMMPS,我们需要对其进行配置,以下是配置LAMMPS的步骤:

(1)打开LAMMPS的可执行文件所在目录,输入以下命令:

cd src

(2)运行以下命令,生成LAMMPS的配置文件:

make yes-opt
make yes-mpi
make yes-kokkos
make yes-user-mpi
make yes-user-omp
make yes-user-mesontwist
make yes-user-mesontwist-mc
make yes-user-external
make yes-user-fsph
make yes-user-reax
make yes-user-awpmd
make yes-user-smd
make yes-user-colvars
make yes-user-quip
make yes-user-molmodel
make yes-user-morse
make yes-user-meam
make yes-user-mdi
make yes-user-misc
make yes-user-ncf
make yes-user-voronoi
make yes-user-yaff
make yes-user-ffield
make yes-user-meamcuda
make yes-user-meamcuda-opt
make yes-user-meamcuda-kokkos
make yes-user-meamcuda-mpi
make yes-user-meamcuda-omp
make yes-user-meamcuda-kokkos-mpi
make yes-user-meamcuda-kokkos-omp
make yes-user-meamcuda-kokkos-opt
make yes-user-meamcuda-kokkos-mpi-opt
make yes-user-meamcuda-kokkos-omp-opt
make yes-user-meamcuda-kokkos-mpi-omp
make yes-user-meamcuda-kokkos-mpi-omp-opt

(3)运行以下命令,编译LAMMPS:

make

(4)将LAMMPS的可执行文件移动到便于访问的目录,如/usr/local/bin

sudo cp lmp_ /usr/local/bin/

6、验证LAMMPS安装

在终端输入以下命令,运行LAMMPS:

lmp_

如果LAMMPS能够正常运行并显示版本信息,则表示安装成功。

LAMMPS使用示例

以下是一个简单的LAMMPS使用示例:

1、创建一个名为lammps_input.txt的输入文件,内容如下:

units metal
atom_style atomic
boundary p p p
neighbor 2.0 bin
neigh_modify delay 5 every 1 check yes
read_data data.lammps
pair_style lj/cut 2.5
pair_coeff * * 1.0 1.0 2.5
velocity all create 300 123456
fix 1 all nve
thermo 10
dump 1 all atom 10 dump.lammps
run 100

2、运行LAMMPS:

lmp_ -in lammps_input.txt

LAMMPS将根据输入文件执行分子动力学模拟,并在终端输出相关信息。

本文详细介绍了在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS的步骤,通过遵循上述步骤,您可以顺利搭建起自己的分子动力学模拟环境,开展相关研究。

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