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本文详细介绍了在Ubuntu系统下安装与配置GROMACS的方法。指南涵盖了从系统环境准备到GROMACS的编译安装全过程，旨在帮助用户在Ubuntu 18系统中顺利部署GROMACS软件，以进行分子动力学模拟研究。
本文目录导读：
GROMACS 是一款高性能的分子动力学模拟软件，广泛应用于生物信息学、化学和物理学等领域，在 Ubuntu 系统下安装 GROMACS 可以让我们充分利用其强大的计算能力，下面将详细介绍如何在 Ubuntu 系统中安装和配置 GROMACS。
安装前的准备工作
1、更新系统软件包
在安装 GROMACS 之前，首先确保系统软件包已经更新到最新版本，打开终端，输入以下命令：
sudo apt update sudo apt upgrade
2、安装依赖软件
GROMACS 需要一些依赖软件，如 CMake、GCC 编译器、FFTW 等库，使用以下命令安装这些依赖软件：
sudo apt install cmake gfortran libfftw3-dev libopenmpi-dev
下载 GROMACS 源代码
1、访问 GROMACS 官方网站（https://www.gromacs.org/），找到最新版本的源代码压缩包，当前最新版本为 2022.2，下载对应的源代码压缩包。
2、将下载的源代码压缩包移动到 Ubuntu 系统中的某个目录下，例如/home/username/softwares/。
编译安装 GROMACS
1、解压源代码压缩包：
tar -zxvf gromacs-2022.2.tar.gz
2、进入解压后的目录：
cd gromacs-2022.2
3、创建一个构建目录：
mkdir build && cd build
4、使用 CMake 配置编译选项：
cmake ..
5、开始编译：
make
6、安装 GROMACS：
sudo make install
配置环境变量
为了让系统识别 GROMACS，需要配置环境变量，打开终端，输入以下命令：
sudo gedit /etc/profile
在打开的文件中，添加以下内容：
export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin export GMXLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/gromacs/lib
保存并关闭文件，在终端中输入以下命令，使环境变量立即生效：
source /etc/profile
测试 GROMACS 安装是否成功
在终端中输入以下命令，运行 GROMACS 的一个简单测试：
gmx info
如果输出信息中没有错误，则表示 GROMACS 安装成功。
本文详细介绍了在 Ubuntu 系统下安装和配置 GROMACS 的过程，通过以上步骤，我们可以顺利地在 Ubuntu 系统中安装 GROMACS，并充分利用其强大的分子动力学模拟功能。
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