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本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装与配置LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）的步骤。指南涵盖了从安装必要的依赖库到编译安装LAMMPS的完整过程，旨在帮助用户顺利地在Ubuntu环境中搭建LAMMPS模拟平台。
本文目录导读：
LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款广泛用于分子动力学模拟的开源软件，在 Ubuntu 系统下配置 LAMMPS 可以让科研工作者和工程师更加方便地进行高性能计算，本文将详细介绍在 Ubuntu 系统下安装和配置 LAMMPS 的步骤。
系统要求
在开始配置 LAMMPS 之前，请确保您的 Ubuntu 系统满足以下要求：
1、操作系统：Ubuntu 18.04 或更高版本。
2、编译环境：安装了 GCC 编译器。
3、其他依赖：安装了 Make 工具和相关的数学库。
安装依赖
打开终端，更新系统软件包列表：
sudo apt update
安装必要的依赖：
sudo apt install build-essential libfftw3-dev libmpich-dev libopenmpi-dev
这里安装了编译环境、FFTW 库（用于快速傅里叶变换）、MPICH 和 OpenMPI（用于并行计算）。
下载 LAMMPS 源码
从 LAMMPS 官方网站（https://lammps.sandia.gov/）下载最新版本的源码，这里以 2021-10-22 版本为例，下载命令如下：
wget https://lammps.sandia.gov/2021-10-22/lammps-2021-10-22.tar.gz
下载完成后，解压源码：
tar -zxvf lammps-2021-10-22.tar.gz cd lammps-2021-10-22
编译 LAMMPS
在 LAMMPS 源码目录下，创建一个名为build 的文件夹，并进入该文件夹：
mkdir build cd build
使用 CMake 配置编译选项，这里我们选择编译包含 GPU 加速的版本：
cmake -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local ..
编译 LAMMPS：
make -j $(nproc)
安装 LAMMPS：
sudo make install
验证安装
安装完成后，可以通过以下命令验证 LAMMPS 是否安装成功：
lmp_serial -version
如果输出信息中包含 LAMMPS 的版本号，则表示安装成功。
使用 LAMMPS
您可以在终端中使用 LAMMPS 进行分子动力学模拟，以下是一个简单的示例：
1、创建一个名为in.lj 的输入文件，内容如下：
3d Lennard-Jones melt units metal atom_style atomic boundary p p p read_data data.lj neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 timestep 0.005 thermo 100 fix 1 all nve run 1000
2、运行 LAMMPS：
lmp_serial -in in.lj
常见问题
1、编译时出现错误：检查是否安装了所有依赖，并确保 GCC 编译器版本正确。
2、运行时出现错误：检查输入文件是否正确，以及是否安装了相应的数学库。
3、并行计算问题：确保安装了 MPICH 或 OpenMPI，并在运行时使用-np 参数指定进程数。
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Ubuntu LAMMPS 配置：ubuntu lammps安装教程
