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本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装与配置LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)的步骤。内容包括安装依赖库、下载LAMMPS源代码、编译安装以及相关环境配置,为用户提供了清晰的Ubuntu LAMMPS安装教程和配置指南。
本文目录导读:
LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款广泛用于分子动力学模拟的开源软件,在 Ubuntu 系统下安装和配置 LAMMPS 可以让科研人员和工程师们更加方便地进行分子模拟,本文将详细介绍在 Ubuntu 系统下安装和配置 LAMMPS 的步骤。
安装编译依赖
1、更新系统软件包
打开终端,输入以下命令更新系统软件包:
sudo apt-get update sudo apt-get upgrade
2、安装编译依赖
LAMMPS 需要一些编译依赖,可以使用以下命令安装:
sudo apt-get install build-essential sudo apt-get install libfftw3-dev sudo apt-get install libmpich-dev mpich sudo apt-get install libopenmpi-dev openmpi-bin sudo apt-get install libgsl-dev
下载 LAMMPS 源代码
1、访问 LAMMPS 官方网站(https://lammps.sandia.gov/)下载最新版本的源代码。
2、将下载的源代码压缩包解压到指定目录,例如/opt/lammps
:
cd /opt sudo mkdir lammps cd lammps sudo tar -zxvf lammPs-2021-11-10.tar.gz
编译 LAMMPS
1、进入 LAMMPS 源代码目录:
cd /opt/lammps/lammps-2021-11-10/src
2、编译 LAMMPS,这里以多线程并行版本为例:
make yes-mpi make yes-opt make yes-omp make
编译完成后,在/opt/lammps/lammps-2021-11-10/src
目录下会生成lmp_omp
可执行文件。
配置环境变量
1、打开终端,输入以下命令编辑~/.bashrc
文件:
nano ~/.bashrc
2、在文件末尾添加以下内容:
export PATH=/opt/lammps/lammps-2021-11-10/src:$PATH export LAMMPS_PATH=/opt/lammps/lammps-2021-11-10/src
3、保存并退出编辑器,然后重新加载环境变量:
source ~/.bashrc
测试 LAMMPS 安装
在终端输入以下命令,运行 LAMMPS 的示例脚本:
lmp_omp -in in.lj
如果能够正常运行并输出结果,则表示 LAMMPS 安装成功。
注意事项
1、编译 LAMMPS 时,可以根据需要选择不同的编译选项,以适应不同的计算需求。
2、如果在编译过程中遇到错误,可以根据错误提示查找相应的解决方法。
3、在使用 LAMMPS 进行分子模拟时,需要了解其参数设置和脚本编写方法。
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本文标签属性:
Ubuntu LAMMPS 配置:ubuntu laptopmode