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[Linux操作系统]Ubuntu 下 LAMMPS 的安装与配置详解|ubuntu lammps安装教程,Ubuntu LAMMPS 配置

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本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装与配置LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)的步骤。内容包括安装依赖库、下载LAMMPS源代码、编译安装以及相关环境配置,为用户提供了清晰的Ubuntu LAMMPS安装教程和配置指南。

本文目录导读:

  1. 安装编译依赖
  2. 下载 LAMMPS 源代码
  3. 编译 LAMMPS
  4. 配置环境变量
  5. 测试 LAMMPS 安装
  6. 注意事项

LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是款广泛用于分子动力学模拟的开源软件,在 Ubuntu 系统下安装和配置 LAMMPS 可以让科研人员和工程师们更加方便地进行分子模拟,本文将详细介绍在 Ubuntu 系统下安装和配置 LAMMPS 的步骤。

安装编译依赖

1、更新系统软件包

打开终端,输入以下命令更新系统软件包:

sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade

2、安装编译依赖

LAMMPS 需要一些编译依赖,可以使用以下命令安装:

sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install libfftw3-dev
sudo apt-get install libmpich-dev mpich
sudo apt-get install libopenmpi-dev openmpi-bin
sudo apt-get install libgsl-dev

下载 LAMMPS 源代码

1、访问 LAMMPS 官方网站(https://lammps.sandia.gov/)下载最新版本的源代码。

2、将下载的源代码压缩包解压到指定目录,例如/opt/lammps

cd /opt
sudo mkdir lammps
cd lammps
sudo tar -zxvf lammPs-2021-11-10.tar.gz

编译 LAMMPS

1、进入 LAMMPS 源代码目录:

cd /opt/lammps/lammps-2021-11-10/src

2、编译 LAMMPS,这里以多线程并行版本为例:

make yes-mpi
make yes-opt
make yes-omp
make

编译完成后,在/opt/lammps/lammps-2021-11-10/src 目录下会生成lmp_omp 可执行文件。

配置环境变量

1、打开终端,输入以下命令编辑~/.bashrc 文件:

nano ~/.bashrc

2、在文件末尾添加以下内容:

export PATH=/opt/lammps/lammps-2021-11-10/src:$PATH
export LAMMPS_PATH=/opt/lammps/lammps-2021-11-10/src

3、保存并退出编辑器,然后重新加载环境变量:

source ~/.bashrc

测试 LAMMPS 安装

在终端输入以下命令,运行 LAMMPS 的示例脚本:

lmp_omp -in in.lj

如果能够正常运行并输出结果,则表示 LAMMPS 安装成功。

注意事项

1、编译 LAMMPS 时,可以根据需要选择不同的编译选项,以适应不同的计算需求。

2、如果在编译过程中遇到错误,可以根据错误提示查找相应的解决方法。

3、在使用 LAMMPS 进行分子模拟时,需要了解其参数设置和脚本编写方法。

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