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本文介绍了在Ubuntu 18操作系统下安装与配置GROMACS的详细步骤，为用户提供了一个清晰的安装指南，助力科研与学术工作。内容包括软件的下载、依赖关系的解决以及安装后的配置，旨在帮助用户高效完成安装过程。
本文目录导读：
GROMACS是一款高性能的分子动力学模拟软件，广泛应用于生物物理、化学、材料科学等领域，本文将详细介绍如何在Ubuntu操作系统上安装和配置GROMACS，帮助用户轻松上手这款强大的模拟工具。
安装前的准备工作
1、更新系统
在安装GROMACS之前，首先确保您的Ubuntu系统是最新的，打开终端，执行以下命令：
sudo apt update sudo apt upgrade
2、安装依赖
GROMACS的安装需要一些依赖库，我们可以使用以下命令安装：
sudo apt install cmake gfortran libopenmpi-dev libfftw3-dev libfftw3-3
安装GROMACS
1、下载GROMACS源代码
访问GROMACS的官方网站（https://www.gromacs.org/），下载最新版本的源代码，这里以2021版为例，下载地址为：https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2021.tar.gz。
在终端中，使用wget命令下载源代码：
wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2021.tar.gz
2、解压源代码
下载完成后，使用以下命令解压源代码：
tar -zxvf gromacs-2021.tar.gz
3、编译安装
进入解压后的文件夹，创建一个build文件夹并进入：
cd gromacs-2021 mkdir build cd build
使用cmake命令配置编译选项，然后编译安装：
cmake .. make sudo make install
4、验证安装
安装完成后，使用以下命令验证安装是否成功：
gmx version
如果返回了GROMACS的版本信息，则表示安装成功。
配置GROMACS
1、设置环境变量
为了方便使用GROMACS，我们需要将其添加到系统环境变量中，打开终端，编辑~/.bashrc文件：
sudo nano ~/.bashrc
在文件末尾添加以下内容：
export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin export GMXLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/gromacs/lib
保存并退出文件，然后运行以下命令使环境变量生效：
source ~/.bashrc
2、安装GROMACS插件
GROMACS支持多种插件，可以根据需要安装，这里以安装GMXAPI插件为例，执行以下命令：
sudo apt install python3-dev cd /usr/local/gromacs/share/gromacs-python python3 setup.py install
使用GROMACS
安装和配置完成后，您就可以开始使用GROMACS进行分子动力学模拟了，以下是一个简单的示例：
1、创建一个名为“md.tpr”的拓扑文件。
2、创建一个名为“md.mdp”的模拟参数文件。
3、使用以下命令运行模拟：
gmx mdrun -v -deffnm md
4、查看模拟结果。
至此，您已经成功安装和配置了GROMACS，可以开始探索分子动力学模拟的无限可能。
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本文标签属性：
Ubuntu GROMACS 安装：ubuntu安装gfortran
