推荐阅读:
[AI-人工智能]免翻墙的AI利器：樱桃茶·智域GPT，让你轻松使用ChatGPT和Midjourney - 免费AIGC工具 - 拼车/合租账号 八折优惠码: AIGCJOEDISCOUNT2024
[AI-人工智能]银河录像局: 国内可靠的AI工具与流媒体的合租平台 高效省钱、现号秒发、翻车赔偿、无限续费|95折优惠码: AIGCJOE
[AI-人工智能]免梯免翻墙-ChatGPT拼车站月卡 | 可用GPT4/GPT4o/o1-preview | 会话隔离 | 全网最低价独享体验ChatGPT/Claude会员服务
[AI-人工智能]边界AICHAT - 超级永久终身会员激活 史诗级神器，口碑炸裂！300万人都在用的AI平台
本文介绍了在Ubuntu 18操作系统下安装与配置GROMACS的详细步骤，为用户提供了一个清晰的安装指南，助力科研与学术工作。内容包括软件的下载、依赖关系的解决以及安装后的配置，旨在帮助用户高效完成安装过程。
本文目录导读：
GROMACS是一款高性能的分子动力学模拟软件，广泛应用于生物物理、化学、材料科学等领域，本文将详细介绍如何在Ubuntu操作系统上安装和配置GROMACS，帮助用户轻松上手这款强大的模拟工具。
安装前的准备工作
1、更新系统
在安装GROMACS之前，首先确保您的Ubuntu系统是最新的，打开终端，执行以下命令：
sudo apt update sudo apt upgrade
2、安装依赖
GROMACS的安装需要一些依赖库，我们可以使用以下命令安装：
sudo apt install cmake gfortran libopenmpi-dev libfftw3-dev libfftw3-3
安装GROMACS
1、下载GROMACS源代码
访问GROMACS的官方网站（https://www.gromacs.org/），下载最新版本的源代码，这里以2021版为例，下载地址为：https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2021.tar.gz。
在终端中，使用wget命令下载源代码：
wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2021.tar.gz
2、解压源代码
下载完成后，使用以下命令解压源代码：
tar -zxvf gromacs-2021.tar.gz
3、编译安装
进入解压后的文件夹，创建一个build文件夹并进入：
cd gromacs-2021 mkdir build cd build
使用cmake命令配置编译选项，然后编译安装：
cmake .. make sudo make install
4、验证安装
安装完成后，使用以下命令验证安装是否成功：
gmx version
如果返回了GROMACS的版本信息，则表示安装成功。
配置GROMACS
1、设置环境变量
为了方便使用GROMACS，我们需要将其添加到系统环境变量中，打开终端，编辑~/.bashrc文件：
sudo nano ~/.bashrc
在文件末尾添加以下内容：
export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin export GMXLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/gromacs/lib
保存并退出文件，然后运行以下命令使环境变量生效：
source ~/.bashrc
2、安装GROMACS插件
GROMACS支持多种插件，可以根据需要安装，这里以安装GMXAPI插件为例，执行以下命令：
sudo apt install python3-dev cd /usr/local/gromacs/share/gromacs-python python3 setup.py install
使用GROMACS
安装和配置完成后，您就可以开始使用GROMACS进行分子动力学模拟了，以下是一个简单的示例：
1、创建一个名为“md.tpr”的拓扑文件。
2、创建一个名为“md.mdp”的模拟参数文件。
3、使用以下命令运行模拟：
gmx mdrun -v -deffnm md
4、查看模拟结果。
至此，您已经成功安装和配置了GROMACS，可以开始探索分子动力学模拟的无限可能。
以下是50个与本文相关的中文关键词：
Ubuntu, GROMACS, 安装, 配置, 分子动力学, 模拟, 依赖, 编译, 环境变量, 插件, 拓扑文件, 模拟参数, 运行, 结果, 生物物理, 化学, 材料科学, 源代码, 下载, 解压, 编译选项, 验证, 设置, 文件编辑, 使生效, Python, 插件安装, 模拟示例, 模拟过程, 模拟结果, 探索, 可能, 指南, 步骤, 细节, 实践, 操作, 说明, 软件安装, 软件配置, 系统环境, 优化, 性能, 高效, 应用, 领域, 研究工具, 学习资源
本文标签属性：
Ubuntu GROMACS 安装：ubuntu g++安装
