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本文详细介绍了在openSUSE系统中配置LAMMPS的步骤,包括在opensuse i3wm环境下进行安装和设置。指南涵盖了从安装必要的依赖项到编译和运行LAMMPS的完整过程,为用户提供了清晰的指导。
本文目录导读:
在科学计算领域,LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)是一款非常强大的分子动力学模拟软件,本文将为您详细介绍如何在openSUSE系统上安装和配置LAMMPS,帮助您顺利完成分子动力学模拟。
安装openSUSE系统
确保您的计算机硬件满足openSUSE系统的安装要求,您可以从openSUSE官网下载最新的安装镜像,然后按照以下步骤进行安装:
1、制作启动U盘:将openSUSE安装镜像写入U盘。
2、启动计算机并选择U盘启动。
3、进入安装界面,选择安装openSUSE。
4、按照安装向导提示,完成安装。
安装编译环境
在openSUSE系统中,安装编译环境是安装LAMMPS的前提,以下是安装编译环境的步骤:
1、打开终端,输入以下命令更新系统:
```
sudo zypper refresh
sudo zypper update
```
2、安装编译器:
```
sudo zypper install gcc gcc-c++ make
```
3、安装其他依赖库:
```
sudo zypper install fftw3 fftw3-mpich2 fftw3-mpi fftw3-threaded fftw3-threaded-mpich2
```
下载和编译LAMMPS
1、下载LAMMPS源代码:从LAMMPS官网(https://lammps.sandia.gov/)下载最新版本的源代码。
2、解压源代码:
```
tar -xvf lmp.src.tar.gz
```
3、进入解压后的目录:
```
cd lmp/src
```
4、编译LAMMPS:
```
make yes-all
make
```
这将编译所有可用的LAMMPS功能,如果需要编译特定的功能,可以修改Makefile文件。
5、编译成功后,会在当前目录下生成一个名为“lmp”的可执行文件。
配置LAMMPS
1、创建一个LAMMPS输入文件:根据您的模拟需求,创建一个LAMMPS输入文件,in.lj”。
2、运行LAMMPS:
```
./lmp < in.lj
```
这将开始运行LAMMPS,并根据输入文件进行分子动力学模拟。
3、查看模拟结果:LAMMPS会输出一系列日志文件和轨迹文件,您可以使用相关工具(如VMD)查看模拟结果。
注意事项
1、在编译LAMMPS时,可以根据需要选择不同的编译选项,以优化性能。
2、在运行LAMMPS时,可以通过调整输入文件中的参数来控制模拟过程。
3、LAMMPS支持并行计算,可以在多个处理器上运行,提高计算效率。
4、在使用LAMMPS进行模拟时,请遵循相关法律法规,确保模拟内容的合规性。
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本文标签属性:
openSUSE LAMMPS 配置:opensuse15.3