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本文详细介绍了在Ubuntu系统(以Ubuntu 18为例)下安装与配置GROMACS的步骤。通过逐步指导,帮助用户顺利完成GROMACS的安装,为科学研究提供高效分子动力学模拟工具。
本文目录导读:
GROMACS是一款高性能的分子动力学模拟软件,广泛用于生物物理学、化学和材料科学等领域,在Ubuntu系统下安装GROMACS,可以让科研工作者更加便捷地进行分子动力学模拟,本文将详细介绍如何在Ubuntu系统上安装和配置GROMACS。
安装前的准备工作
1、更新系统
在安装GROMACS之前,首先确保你的Ubuntu系统是最新的,打开终端,输入以下命令:
sudo apt update sudo apt upgrade
2、安装依赖
GROMACS依赖于一些外部库和工具,因此需要先安装这些依赖,输入以下命令:
sudo apt install build-essential cmake gfortran git
下载GROMACS源代码
1、获取源代码
打开终端,使用git克隆GROMACS的GitHub仓库:
git clone https://github.com/gromacs/gromacs.git
2、切换到源代码目录
cd gromacs
编译与安装GROMACS
1、创建构建目录
在源代码目录下创建一个构建目录:
mkdir build && cd build
2、配置CMake
使用CMake配置构建过程,以下命令会生成一个Makefile文件:
cmake ..
3、编译GROMACS
在终端中输入以下命令编译GROMACS:
make
4、安装GROMACS
编译完成后,使用以下命令安装GROMACS:
sudo make install
配置环境变量
为了让系统能够找到GROMACS的可执行文件和库文件,需要配置环境变量,打开终端,输入以下命令:
echo 'export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin' >> ~/.bashrc echo 'export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/gromacs/lib' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc
测试安装
为了验证GROMACS是否安装成功,可以在终端中输入以下命令:
gmx --version
如果返回了GROMACS的版本信息,说明安装成功。
本文详细介绍了在Ubuntu系统下安装GROMACS的步骤,包括更新系统、安装依赖、下载源代码、编译与安装、配置环境变量以及测试安装,希望对科研工作者在分子动力学模拟方面的研究有所帮助。
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本文标签属性:
Ubuntu GROMACS 安装:ubuntu安装gfortran