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[Linux操作系统]Ubuntu系统下GROMACS的安装与配置详解|ubuntu18安装gromacs,Ubuntu GROMACS 安装

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本文详细介绍了在Ubuntu系统(以Ubuntu 18为例)下安装与配置GROMACS的步骤。通过逐步指导,帮助用户顺利完成GROMACS的安装,为科学研究提供高效分子动力学模拟工具。

本文目录导读:

  1. 安装前的准备工作
  2. 下载GROMACS源代码
  3. 编译与安装GROMACS
  4. 配置环境变量
  5. 测试安装

GROMACS是一款高性能的分子动力学模拟软件,广泛用于生物物理学、化学和材料科学等领域,在Ubuntu系统下安装GROMACS,可以让科研工作者更加便捷地进行分子动力学模拟,本文将详细介绍如何在Ubuntu系统上安装和配置GROMACS。

安装前的准备工作

1、更新系统

在安装GROMACS之前,首先确保你的Ubuntu系统是最新的,打开终端,输入以下命令:

sudo apt update
sudo apt upgrade

2、安装依赖

GROMACS依赖于一些外部库和工具,因此需要先安装这些依赖,输入以下命令:

sudo apt install build-essential cmake gfortran git

下载GROMACS源代码

1、获取源代码

打开终端,使用git克隆GROMACS的GitHub仓库:

git clone https://github.com/gromacs/gromacs.git

2、切换到源代码目录

cd gromacs

编译与安装GROMACS

1、创建构建目录

在源代码目录下创建一个构建目录:

mkdir build && cd build

2、配置CMake

使用CMake配置构建过程,以下命令会生成一个Makefile文件:

cmake ..

3、编译GROMACS

在终端中输入以下命令编译GROMACS:

make

4、安装GROMACS

编译完成后,使用以下命令安装GROMACS:

sudo make install

配置环境变量

为了让系统能够找到GROMACS的可执行文件和库文件,需要配置环境变量,打开终端,输入以下命令:

echo 'export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin' >> ~/.bashrc
echo 'export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/gromacs/lib' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

测试安装

为了验证GROMACS是否安装成功,可以在终端中输入以下命令:

gmx --version

如果返回了GROMACS的版本信息,说明安装成功。

本文详细介绍了在Ubuntu系统下安装GROMACS的步骤,包括更新系统、安装依赖、下载源代码、编译与安装、配置环境变量以及测试安装,希望对科研工作者在分子动力学模拟方面的研究有所帮助。

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Ubuntu GROMACS 安装:ubuntu安装gfortran

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