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[Linux操作系统]openSUSE系统下LAMMPS的详细配置指南|opensuse i3wm,openSUSE LAMMPS 配置

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本文详细介绍了在openSUSE操作系统下配置LAMMPS的步骤,包括在opensuse i3wm环境下进行安装和设置。指南涵盖了从系统准备到LAMMPS编译安装的完整过程,为用户提供了清晰的指导。

本文目录导读:

  1. openSUSE系统准备
  2. 下载LAMMPS源代码
  3. 编译LAMMPS
  4. 配置LAMMPS
  5. LAMMPS常用操作

在科学计算领域,LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)是一款非常强大的分子动力学模拟软件,本文将详细介绍如何在openSUSE系统上安装和配置LAMMPS,帮助读者顺利开展分子动力学模拟工作。

openSUSE系统准备

1、更新系统

开始安装LAMMPS之前,请确保您的openSUSE系统是最新的,打开终端,输入以下命令:

sudo zypper refresh
sudo zypper update

2、安装依赖包

LAMMPS在编译过程中需要一些依赖包,可以使用zypper命令安装以下依赖:

sudo zypper install gcc gcc-c++ make cmake git

下载LAMMPS源代码

1、访问LAMMPS官网(https://lammps.sandia.gov/)或GitHub仓库(https://github.com/lammps/lammps),下载最新版本的LAMMPS源代码。

2、将下载的源代码压缩包解压到指定目录,例如/home/username/lammps

编译LAMMPS

1、打开终端,进入LAMMPS源代码目录:

cd /home/username/lammps/src

2、创建一个构建目录,并进入该目录:

mkdir build
cd build

3、使用cmake配置LAMMPS编译选项,以下是一个常用的配置命令,可根据需要修改:

cmake ..

4、开始编译LAMMPS:

make

编译完成后,在build 目录下会生成一个名为lmp 的可执行文件。

配置LAMMPS

1、创建一个LAMMPS输入文件

在LAMMPS安装目录下,创建一个名为in.lammps 的输入文件,该文件包含了LAMMPS模拟所需的参数和数据,以下是一个简单的输入文件示例:

units		metal
atom_style.atomic
boundary	p p p
neighbor	2.0 bin
neigh_modify_once yes
special_bonds lj/coul 0.0 0.0 0.5
pair_style	lj/cut 2.5
pair_coeff	1 1 1.0 1.0 2.5
region		box block 0 10 0 10 0 10
create_box	1 box
create_atoms	1 box
mass		1 1.0
run		100

2、运行LAMMPS模拟

在终端中,进入LAMMPS安装目录,运行以下命令:

./build/lmp < in.lammps > log.lammps

in.lammps 是输入文件,log.lammps 是输出日志文件。

LAMMPS常用操作

1、查看LAMMPS版本信息:

./build/lmp -v

2、查看LAMMPS帮助文档:

./build/lmp -h

3、查看LAMMPS编译选项:

./build/lmp -echo screen

本文详细介绍了在openSUSE系统上安装和配置LAMMPS的步骤,通过遵循上述指南,您可以顺利地在openSUSE系统上安装LAMMPS,并开始分子动力学模拟工作。

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