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本文详细介绍了在openSUSE操作系统下配置LAMMPS的步骤,包括在opensuse i3wm环境下进行安装和设置。指南涵盖了从系统准备到LAMMPS编译安装的完整过程,为用户提供了清晰的指导。
本文目录导读:
在科学计算领域,LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)是一款非常强大的分子动力学模拟软件,本文将详细介绍如何在openSUSE系统上安装和配置LAMMPS,帮助读者顺利开展分子动力学模拟工作。
openSUSE系统准备
1、更新系统
在开始安装LAMMPS之前,请确保您的openSUSE系统是最新的,打开终端,输入以下命令:
sudo zypper refresh sudo zypper update
2、安装依赖包
LAMMPS在编译过程中需要一些依赖包,可以使用zypper命令安装以下依赖:
sudo zypper install gcc gcc-c++ make cmake git
下载LAMMPS源代码
1、访问LAMMPS官网(https://lammps.sandia.gov/)或GitHub仓库(https://github.com/lammps/lammps),下载最新版本的LAMMPS源代码。
2、将下载的源代码压缩包解压到指定目录,例如/home/username/lammps
。
编译LAMMPS
1、打开终端,进入LAMMPS源代码目录:
cd /home/username/lammps/src
2、创建一个构建目录,并进入该目录:
mkdir build cd build
3、使用cmake配置LAMMPS编译选项,以下是一个常用的配置命令,可根据需要修改:
cmake ..
4、开始编译LAMMPS:
make
编译完成后,在build
目录下会生成一个名为lmp
的可执行文件。
配置LAMMPS
1、创建一个LAMMPS输入文件
在LAMMPS安装目录下,创建一个名为in.lammps
的输入文件,该文件包含了LAMMPS模拟所需的参数和数据,以下是一个简单的输入文件示例:
units metal atom_style.atomic boundary p p p neighbor 2.0 bin neigh_modify_once yes special_bonds lj/coul 0.0 0.0 0.5 pair_style lj/cut 2.5 pair_coeff 1 1 1.0 1.0 2.5 region box block 0 10 0 10 0 10 create_box 1 box create_atoms 1 box mass 1 1.0 run 100
2、运行LAMMPS模拟
在终端中,进入LAMMPS安装目录,运行以下命令:
./build/lmp < in.lammps > log.lammps
in.lammps
是输入文件,log.lammps
是输出日志文件。
LAMMPS常用操作
1、查看LAMMPS版本信息:
./build/lmp -v
2、查看LAMMPS帮助文档:
./build/lmp -h
3、查看LAMMPS编译选项:
./build/lmp -echo screen
本文详细介绍了在openSUSE系统上安装和配置LAMMPS的步骤,通过遵循上述指南,您可以顺利地在openSUSE系统上安装LAMMPS,并开始分子动力学模拟工作。
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本文标签属性:
openSUSE LAMMPS 配置:opensuse i3wm