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[Linux操作系统]Ubuntu下LAMMPS的详细配置指南|ubuntu lammps安装教程,Ubuntu LAMMPS 配置

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本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装和配置LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)的步骤,提供了全面的安装教程,包括依赖关系的解决和配置过程中的关键指令,助力用户高效完成Ubuntu LAMMPS的搭建。

本文目录导读:

  1. 安装依赖
  2. 下载LAMMPS源代码
  3. 编译LAMMPS
  4. 配置LAMMPS
  5. 测试LAMMPS

LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是款强大的分子动力学模拟软件,广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域,本文将详细介绍如何在Ubuntu操作系统下安装和配置LAMMPS,帮助读者顺利开展相关研究。

安装依赖

在安装LAMMPS之前,需要确保系统已安装以下依赖:

1、GCC编译器

2、Make工具

3、Python(可选,用于运行LAMMPS脚本)

1、安装GCC编译器和Make工具

打开终端,输入以下命令:

sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential

2、安装Python

Python的安装较为简单,输入以下命令:

sudo apt-get install python3

下载LAMMPS源代码

访问LAMMPS官网(https://lammps.sandia.gov/)下载最新版本的源代码,将下载的文件解压到指定目录,例如/home/username/lammps

编译LAMMPS

1、打开终端,切换到LAMMPS源代码目录:

cd /home/username/lammps/src

2、编译LAMMPS

LAMMPS提供了多种编译选项,这里以串行编译为例,输入以下命令:

make serial

编译完成后,在/home/username/lammps/src目录下会生成一个名为lmp_serial的可执行文件。

配置LAMMPS

1、创建LAMMPS配置文件

在LAMMPS源代码目录下创建一个名为lammps.conf的文件,并输入以下内容

package        yes
package        gpu     no
package        intel   no
package        kokkos  no
package        omp     no

2、配置Python接口(可选)

如果需要使用Python调用LAMMPS,则需要配置Python接口,在LAMMPS源代码目录下创建一个名为lammps_py.conf的文件,并输入以下内容:

python        yes
python        static  yes
python        threads no

3、编译LAMMPS

在LAMMPS源代码目录下,输入以下命令编译LAMMPS:

make yes-python

编译完成后,在/home/username/lammps/src目录下会生成一个名为lmp_serial的可执行文件,同时会生成一个名为liblammps.so的动态库文件。

测试LAMMPS

为了验证LAMMPS安装和配置是否成功,可以运行一个简单的测试案例,在LAMMPS源代码目录下,输入以下命令:

./lmp_serial -in in.lj

in.lj是一个LAMMPS输入文件,用于模拟Lennard-Jones液体的演化,如果LAMMPS运行正常,将在终端输出模拟结果。

本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装和配置LAMMPS的过程,通过遵循以上步骤,用户可以顺利安装LAMMPS并进行分子动力学模拟,在实际应用中,用户还可以根据需求选择不同的编译选项和配置参数,以实现更高效的模拟。

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Ubuntu LAMMPS 配置:ubuntu配置pcl

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