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本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装和配置LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）的步骤。内容涵盖从安装必要的依赖包到编译和运行LAMMPS的过程，旨在帮助用户在Ubuntu环境中顺利搭建LAMMPS模拟环境。
本文目录导读：
LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款强大的分子动力学模拟软件，广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域，在Ubuntu操作系统下配置LAMMPS，虽然过程较为繁琐，但通过以下步骤，可以顺利完成，本文将详细介绍在Ubuntu下配置LAMMPS的过程。
安装依赖软件
1、安装编译器
需要安装编译器，以便编译LAMMPS源代码，打开终端，输入以下命令：
sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential
2、安装依赖库
LAMMPS需要一些依赖库，输入以下命令安装：
sudo apt-get install libfftw3-dev libmpich-dev libopenmpi-dev
下载LAMMPS源代码
访问LAMMPS官网（https://lammps.sandia.gov/），下载最新版本的源代码，将下载的文件解压到指定目录。
编译LAMMPS
1、创建Makefile
在LAMMPS源代码目录下，创建一个名为“Makefile”的文件，并输入以下内容：
设置编译器 CC = mpicc CXX = mpicxx 设置编译选项 CFLAGS = -O3 -Wall -DLAMMPS_BIGBIG -DUSE_MPI -DUSE_OMP CXXFLAGS = -O3 -Wall -DLAMMPS_BIGBIG -DUSE_MPI -DUSE_OMP 设置库路径 INCLUDES = -I/usr/include LIBS = -L/usr/lib -lfftw3 -lmpi -lopenmpi 设置源文件目录 SRC_DIR = src 设置目标文件目录 OBJ_DIR = obj 设置可执行文件名 EXEC = lmp_mpi 编译规则 all: $(EXEC) $(EXEC): $(SRC_DIR)/*.c $(SRC_DIR)/*.cpp $(OBJ_DIR)/*.o $(CC) $(CFLAGS) $(INCLUDES) $(SRC_DIR)/*.c $(CXX) $(CXXFLAGS) $(INCLUDES) $(SRC_DIR)/*.cpp -o $(EXEC) $(LIBS) $(OBJ_DIR)/%.o: $(SRC_DIR)/%.c $(CC) $(CFLAGS) $(INCLUDES) -c $< -o $@ $(OBJ_DIR)/%.o: $(SRC_DIR)/%.cpp $(CXX) $(CXXFLAGS) $(INCLUDES) -c $< -o $@ clean: rm -rf $(OBJ_DIR) $(EXEC)
2、编译LAMMPS
在终端中，切换到LAMMPS源代码目录，输入以下命令：
make
编译完成后，会在当前目录下生成一个名为“lmp_mpi”的可执行文件。
运行LAMMPS
1、创建输入文件
在LAMMPS源代码目录下，创建一个名为“in.lammps”的输入文件，并输入以下内容：
units metal atom_style atomic boundary p p p neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes 初始化原子 read_data data.lammps 设置模拟参数 timestep 0.001 thermo 100 thermo_style custom step temp press etotal 运行模拟 run 1000
2、运行LAMMPS
在终端中，切换到LAMMPS源代码目录，输入以下命令：
./lmp_mpi -in in.lammps
LAMMPS将开始运行，并在终端输出模拟结果。
注意事项
1、确保安装了所有依赖库，否则编译过程中可能会出现错误。
2、编译LAMMPS时，可以根据需要调整编译选项，如开启或关闭某些功能。
3、运行LAMMPS时，可以根据实际需求修改输入文件。
4、如果遇到问题，可以参考LAMMPS官方文档或在线搜索解决方案。
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Ubuntu LAMMPS 配置：ubuntu lammps安装教程
