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本文介绍了在openSUSE系统中安装GROMACS的详细步骤,包括如何先安装GNOME桌面环境,以及如何通过包管理器进行GROMACS的安装,为科研和分子模拟工作提供了便捷的解决方案。
本文目录导读:
GROMACS是一款高性能的分子动力学模拟软件,广泛应用于生物、化学、物理等领域,openSUSE是一款优秀的开源操作系统,具有稳定性和安全性,本文将详细介绍如何在openSUSE系统中安装GROMACS,帮助用户更好地进行分子动力学模拟。
安装前的准备工作
1、更新系统软件包
在安装GROMACS之前,首先需要确保openSUSE系统中的软件包已经更新到最新版本,打开终端,输入以下命令:
sudo zypper refresh sudo zypper update
2、安装编译器和依赖库
GROMACS需要编译器和一些依赖库,以下命令将安装所需软件包:
sudo zypper install gcc gcc-c++ make automake autoconf libtool sudo zypper install fftw3 fftw3-mpich2 fftw3-threaded fftw3-mpi sudo zypper install openmpi openmpi2 openmpi3
下载和安装GROMACS
1、下载GROMACS源码
访问GROMACS官方网站(http://www.gromacs.org/),下载最新版本的源码,这里以4.6.7版本为例,下载链接为:https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-4.6.7.tar.gz。
2、解压源码
将下载的源码文件移至openSUSE系统中的合适位置,解压源码:
tar -zxvf gromacs-4.6.7.tar.gz cd gromacs-4.6.7
3、配置编译选项
在解压后的目录中,运行以下命令配置编译选项:
./configure --prefix=/usr/local/gromacs-4.6.7 --with-fft=fftw3 --with-mpi
--prefix
指定安装路径,--with-fft
指定使用FFT库,--with-mpi
指定使用MPI库。
4、编译和安装
配置完成后,运行以下命令编译和安装GROMACS:
make sudo make install
配置环境变量
为了方便使用GROMACS,需要将安装路径添加到环境变量中,打开终端,编辑用户配置文件:
vi ~/.bashrc
在文件末尾添加以下内容:
export PATH=/usr/local/gromacs-4.6.7/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/gromacs-4.6.7/lib:$LD_LIBRARY_PATH
保存并退出编辑器,运行以下命令使环境变量生效:
source ~/.bashrc
验证安装
在终端中输入以下命令,验证GROMACS是否安装成功:
gmx --version
如果返回GROMACS的版本信息,则表示安装成功。
本文详细介绍了在openSUSE系统中安装GROMACS的步骤,包括更新系统软件包、安装编译器和依赖库、下载和安装GROMACS源码、配置环境变量等,通过遵循本文的教程,用户可以在openSUSE系统中顺利安装GROMACS,为分子动力学模拟提供便利。
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openSUSE GROMACS 安装:opensuse15.2安装教程