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本文详细介绍在openSUSE系统中配置LAMMPS的步骤,包括openSUSE网络设置及LAMMPS安装与优化。通过逐步指导,帮助用户顺利完成配置,以实现高效的科学计算。
本文目录导读:
LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)是一款广泛使用的开源分子动力学模拟软件,适用于多种材料科学和生物物理领域的研究,在 openSUSE 系统下配置 LAMMPS 可以让用户充分利用该系统的稳定性和高效性,下面将详细介绍如何在 openSUSE 系统下安装和配置 LAMMPS。
安装编译环境和依赖库
1、更新系统软件包
确保您的 openSUSE 系统是最新的,打开终端,执行以下命令:
sudo zypper refresh sudo zypper update
2、安装编译环境
LAMMPS 需要编译环境,因此需要安装 GCC 编译器和相关库:
sudo zypper install gcc gcc-c++ make
3、安装依赖库
LAMMPS 支持多种可选的库,以下是一些常用的依赖库:
sudo zypper install fftw3 fftw3-mpi boost boost-math
下载和编译 LAMMPS
1、下载 LAMMPS 源代码
从 LAMMPS 官方网站(https://lammps.sandia.gov/)下载最新版本的源代码,将下载的文件解压到指定目录。
2、编译 LAMMPS
进入解压后的 LAMMPS 源代码目录,执行以下命令:
make yes-all make
这将编译所有可选的 LAMMPS 功能,如果只需要特定的功能,可以在make
命令前添加相应的make yes-<feature>
命令。
3、安装 LAMMPS
编译完成后,将生成的可执行文件lmp
移动到/usr/local/bin
目录下,以便全局访问:
sudo cp src/lmp_*.exe /usr/local/bin/
配置 LAMMPS
1、设置环境变量
为了让 LAMMPS 正常运行,需要在 shell 配置文件(如.bashrc
或.zshrc
)中添加以下环境变量:
export PATH=$PATH:/usr/local/bin export LAMMPS_ROOT=<LAMMPS源代码目录>
2、配置 LAMMPS 参数
在 LAMMPS 源代码目录下,有一个名为lammps.src
的文件,该文件包含了 LAMMPS 的默认参数设置,用户可以根据自己的需求修改该文件中的参数,例如修改并行计算的核心数、内存分配等。
测试 LAMMPS
1、运行测试案例
在 LAMMPS 源代码目录下,有一个名为bench
的目录,其中包含了多个测试案例,运行以下命令来测试 LAMMPS 是否正常工作:
lmp -in bench/in.lj
2、查看输出结果
在终端中查看输出结果,确保没有错误信息,如果一切正常,LAMMPS 已经成功安装和配置。
在 openSUSE 系统下配置 LAMMPS 需要一定的耐心和技巧,但通过以上步骤,用户可以顺利地完成安装和配置,LAMMPS 强大的分子动力学模拟功能将为科研工作提供有力支持。
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本文标签属性:
openSUSE LAMMPS 配置:opensuse 15.2