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本文详细介绍了在openSUSE操作系统下安装和配置LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）的步骤，以及如何在该系统中搭配i3wm窗口管理器进行优化。指南涵盖了从安装依赖项到编译LAMMPS的完整过程。
本文目录导读：
LAMMPS（Large-scale AtoMic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款强大的分子动力学模拟软件，广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域，本文将详细介绍在openSUSE操作系统下如何安装和配置LAMMPS，帮助用户顺利开展相关研究。
安装依赖
在openSUSE下安装LAMMPS前，需要先安装一系列依赖软件，以下为安装依赖的命令：
1、更新系统软件包：
```
sudo zypper refresh
sudo zypper update
```
2、安装编译器和相关库：
```
sudo zypper install gcc gcc-c++ make automake autoconf libtool
```
3、安装并行计算库：
```
sudo zypper install openmpi openmpi-devel
```
4、安装Python和相关库（用于分析结果）：
```
sudo zypper install python python-numpy python-matplotlib
```
下载LAMMPS源码
1、访问LAMMPS官方网站（https://lammps.sandia.gov/）下载最新版本的源码，本文以2021年8月发布的版本为例。
2、将下载的源码包解压到指定目录：
```
tar -zxvf lammps-2021-08-18.tar.gz
cd lammps-2021-08-18
```
配置LAMMPS
1、创建一个Makefile文件，用于指定编译选项，以下是一个示例Makefile文件：
```
# Define the location of the LAMMPS source code
LammpsSourceDir = /path/to/lammps-2021-08-18/src
# Define the location of the LAMMPS package directories
PackageDir = $(LammpsSourceDir)/lammps-2021-08-18/src/_packages
# Define the location of the LAMMPS build directory
BuildDir = /path/to/lammps-2021-08-18/build
# Define the compiler and compiler flags
CC = mpicc
CXX = mpicxx
CFLAGS = -O3 -Wall -DLAMMPS_BIGBIG -DLAMMPSища
CXXFLAGS = $(CFLAGS)
# Define the location of the MPI library
MPI_LIB = /usr/lib64/openmpi/lib
# Define the location of the FFTW library
FFTW_LIB = /usr/lib64
# Define the location of the JPEG library
JPEG_LIB = /usr/lib64
# Define the location of the PNG library
PNG_LIB = /usr/lib64
# Define the location of the Zlib library
ZLIB_LIB = /usr/lib64
# Define the location of the Python library
PYTHON_LIB = /usr/lib64/python3.6/config-3.6m-x86_64-linux-gnu
# Define the location of the Python include directory
PYTHON_INCLUDE = /usr/include/python3.6m
# Define the location of the LAMMPS include directory
LAMMPS_INCLUDE = $(LammpsSourceDir)/lammps-2021-08-18/src
# Define the location of the LAMMPS libraries
LAMMPS_LIB = $(BuildDir)/lib
# Define the location of the LAMMPS executables
LAMMPS_BIN = $(BuildDir)/bin
# Define the LAMMPS packages to be included
LAMMPS_PACKAGES = ashiya granular kolmogorov
# Define the LAMMPS package directories
PackageDirs = $(addprefix $(PackageDir)/,$(LAMMPS_PACKAGES))
# Define the LAMMPS package include directories
PackageIncludeDirs = $(addprefix -I$(PackageDir)/,$(LAMMPS_PACKAGES))
# Define the LAMMPS package library directories
PackageLibDirs = $(addprefix -L$(BuildDir)/,$(LAMMPS_PACKAGES))
# Define the LAMMPS package libraries
PackageLibs = $(addprefix -l,$(LAMMPS_PACKAGES))
# Define the LAMMPS object files
LAMMPS_OBJS = $(LAMMPS_LIB)/lammps.o $(PackageLibs)
# Define the LAMMPS executable
LAMMPS_EXEC = $(LAMMPS_BIN)/lammps
# Define the LAMMPS Makefile
LAMMPS_MK = $(LammpsSourceDir)/lammps-2021-08-18/Makefile
# Define the LAMMPS source files
LAMMPS_SRCS = $(wildcard $(LammpsSourceDir)/*.c) $(wildcard $(LammpsSourceDir)/*.cpp)
# Define the LAMMPS include files
LAMMPS_INCS = $(wildcard $(LammpsSourceDir)/*.h)
# Define the LAMMPS Makefile rules
all: $(LAMMPS_EXEC)
$(LAMMPS_EXEC): $(LAMMPS_OBJS)
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(LAMMPS_OBJS) $(MPI_LIB) -lmpi -lfftw3 -ljpeg -lpng -lz -lm
$(LAMMPS_LIB)/%.o: $(LammpsSourceDir)/%.c
$(CC) $(CFLAGS) -c $< -o $@
$(LAMMPS_LIB)/%.o: $(LammpsSourceDir)/%.cpp
$(CXX) $(CXXFLAGS) -c $< -o $@
$(LAMMPS_LIB)/%.o: $(PackageDirs)/%.c
$(CC) $(CFLAGS) $(PackageIncludeDirs) -c $< -o $@
$(LAMMPS_LIB)/%.o: $(PackageDirs)/%.cpp
$(CXX) $(CXXFLAGS) $(PackageIncludeDirs) -c $< -o $@
clean:
rm -f $(LAMMPS_LIB)/*.o $(LAMMPS_EXEC)
```
2、将Makefile文件保存到LAMMPS源码目录下，并执行以下命令编译LAMMPS：
```
make
```
验证LAMMPS安装
编译完成后，进入LAMMPS的可执行文件目录，执行以下命令运行示例脚本：
cd $(LAMMPS_BIN) mpirun -np 4 lmp_mpi -in in.lj
若LAMMPS能够正常运行并输出结果，则表示安装成功。
本文详细介绍了在openSUSE操作系统下安装和配置LAMMPS的过程，通过以上步骤，用户可以顺利地在openSUSE环境下使用LAMMPS进行分子动力学模拟。
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本文标签属性：
openSUSE LAMMPS 配置：opensuse ip配置
