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本文提供了在Ubuntu 18操作系统下安装与配置GROMACS的详细步骤，旨在帮助用户顺利完成安装过程。指南涵盖了从系统环境准备到软件编译安装的各个环节，为科研人员和开发者提供了便捷的参考。
本文目录导读：
GROMACS是一款高性能的分子动力学模拟软件，广泛用于生物物理、化学和材料科学等领域，在Ubuntu系统中安装GROMACS，可以让我们充分利用Linux系统的强大性能进行高效的模拟计算，本文将详细介绍如何在Ubuntu下安装GROMACS。
安装前的准备工作
1、更新系统
在安装GROMACS之前，首先确保你的Ubuntu系统是最新的，打开终端，输入以下命令：
sudo apt update sudo apt upgrade
2、安装依赖包
GROMACS依赖于一些外部库和工具，因此需要先安装这些依赖包，输入以下命令：
sudo apt install gfortran libopenmpi-dev libfftw3-dev libfftw3-3 libblas-dev liblapack-dev
安装GROMACS
1、下载GROMACS源代码
从GROMACS的官方网站（https://www.gromacs.org/）下载最新版本的源代码，这里以2022年发布的版本为例，输入以下命令：
wget https://github.com/gromacs/gromacs/archive/2022.tar.gz
2、解压源代码
将下载的源代码文件解压到指定目录：
tar -zxvf 2022.tar.gz cd gromacs-2022
3、配置安装
在解压后的目录中，执行以下命令进行配置：
mkdir build && cd build cmake -DGMX_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs ..
4、编译安装
在配置完成后，执行以下命令编译并安装GROMACS：
make -j4 sudo make install
这里使用-j4参数表示同时使用4个CPU核心进行编译，你可以根据你的CPU核心数进行调整。
配置环境变量
为了方便使用GROMACS，我们需要将其添加到系统的环境变量中，打开终端，输入以下命令：
sudo nano /etc/profile
在打开的文件中，添加以下内容：
export PATH=/usr/local/gromacs/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/gromacs/lib:$LD_LIBRARY_PATH
保存并退出编辑器，然后重启终端或执行以下命令使环境变量生效：
source /etc/profile
验证安装
在终端中输入以下命令，检查GROMACS是否安装成功：
gmx version
如果返回了GROMACS的版本信息，则表示安装成功。
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