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本文介绍了在openSUSE 15系统中安装GROMACS的详细步骤,为用户提供了从系统配置到安装完成的全方位指导,助力科研和开发人员高效使用这一分子动力学模拟软件。
本文目录导读:
GROMACS是一款高性能的分子动力学模拟软件,广泛应用于生物信息学、化学、物理等领域,openSUSE是一个基于Linux的开源操作系统,具有强大的软件支持和优秀的稳定性,本文将介绍如何在openSUSE系统中安装GROMACS,以便用户能够更好地开展分子动力学模拟研究。
安装前准备
1、更新系统
在安装GROMACS之前,首先确保openSUSE系统已经更新到最新版本,打开终端,输入以下命令:
sudo zypper refresh sudo zypper update
2、安装编译工具
GROMACS需要编译安装,因此需要安装编译工具,在终端中输入以下命令:
sudo zypper install gcc gcc-c++ make
3、安装依赖库
GROMACS依赖于一些外部库,如FFTW、GMXAPI等,以下命令将安装这些依赖库:
sudo zypper install fftw3 fftw3-threaded gmxapi
下载GROMACS源代码
1、访问GROMACS官方网站(https://www.gromacs.org/),找到最新版本的源代码下载链接。
2、在终端中使用wget命令下载源代码:
wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2021.2.tar.gz
3、解压下载的源代码:
tar -zxvf gromacs-2021.2.tar.gz
编译安装GROMACS
1、进入解压后的目录:
cd gromacs-2021.2
2、配置编译选项:
./configure --prefix=/usr/local/gromacs --with-gmxapi
这里将GROMACS安装到/usr/local/gromacs目录下,并启用GMXAPI。
3、编译安装:
make sudo make install
配置环境变量
为了方便使用GROMACS,需要配置环境变量,打开~/.bashrc文件,添加以下内容:
export PATH=/usr/local/gromacs/bin:$PATH export GMXLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/gromacs/lib:$GMXLD_LIBRARY_PATH
保存并退出文件,然后在终端中运行以下命令使环境变量生效:
source ~/.bashrc
验证安装
在终端中输入以下命令,检查GROMACS版本:
gmx --version
如果返回正确的版本信息,则表示GROMACS安装成功。
本文详细介绍了在openSUSE系统中安装GROMACS的步骤,包括更新系统、安装编译工具和依赖库、下载源代码、编译安装、配置环境变量以及验证安装,通过这些步骤,用户可以在openSUSE系统中顺利安装GROMACS,开展分子动力学模拟研究。
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