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本文介绍了在Ubuntu操作系统下安装与配置LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）的详细步骤。指南涵盖从环境搭建到软件编译、安装及调试的整个过程，为用户提供了Ubuntu下LAMMPS搭建的全面教程。

本文目录导读：

安装依赖
下载LAMMPS源代码
解压源代码
编译LAMMPS
配置LAMMPS

LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）是一款广泛使用的分子动力学模拟软件，适用于多种材料、生物系统和纳米尺度现象的研究，本文将详细介绍在Ubuntu操作系统下如何安装和配置LAMMPS，帮助用户快速上手。

安装依赖

在安装LAMMPS之前，需要先安装一些依赖库和工具，打开终端，执行以下命令：

sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install libfftw3-dev
sudo apt-get install libmpich-dev mpich

这些命令将安装编译器、FFTW库（用于快速傅里叶变换）和MPI（消息传递接口）库，这些是编译LAMMPS所必需的。

下载LAMMPS源代码

访问LAMMPS官方网站（https://lammps.sandia.gov/），在“Download”页面找到最新的稳定版本，将源代码压缩包下载到本地，例如lammps-2021-10-15.tar.gz。

解压源代码

在终端中，进入下载目录，执行以下命令解压源代码：

tar -zxvf lammps-2021-10-15.tar.gz
cd lammps-2021-10-15

编译LAMMPS

在解压后的目录中，执行以下命令编译LAMMPS：

make yes-all
make mpi

第一个命令会生成Makefile，并选择所有可选的包，第二个命令会使用MPI编译LAMMPS，编译完成后，在src目录下会生成一个名为lmp_2021-10-15的可执行文件。

配置LAMMPS

1、设置环境变量

为了方便使用LAMMPS，需要将LAMMPS的可执行文件路径添加到环境变量中，打开终端，执行以下命令：

echo 'export PATH=$PATH:/path/to/lammps-2021-10-15/src' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

将/path/to/lammps-2021-10-15/src替换为实际的LAMMPS源代码目录。

2、创建模拟输入文件

在LAMMPS中，模拟过程是通过输入文件控制的，创建一个名为in.lammps的输入文件，内容如下：

units           metal
dimension       3
boundary        p p p
atom_style      atomic
atom_type       1
read_data       data.lammps
neighbor        2.0 bin
neigh_list     2.0 bin
neigh_modify   delay 0 every 1 check yes
pair_style      lj/cut 2.5
pair_coeff      1 1 1.0 1.0 2.5
compute         press all pressure
thermo_style    custom step temp press etotal
run             100

data.lammps是包含原子坐标和类型的文件，需要根据实际模拟系统进行修改。

3、运行模拟

在终端中，进入包含输入文件in.lammps和data.lammps的目录，执行以下命令运行模拟：

lmp_2021-10-15 -in in.lammps

LAMMPS将根据输入文件进行模拟，并在终端中显示模拟过程，模拟完成后，可以查看生成的日志文件和轨迹文件，以分析模拟结果。

本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装和配置LAMMPS的过程，通过遵循上述步骤，用户可以成功安装LAMMPS并进行简单的分子动力学模拟，LAMMPS的功能非常强大，还有许多高级特性和功能等待用户去探索。

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本文标签属性：

Ubuntu LAMMPS 配置：ubuntu配置pcl