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本文提供了在Ubuntu系统下安装GROMACS的详尽步骤，以Ubuntu 18版本为例，详细介绍了安装过程中涉及的软件依赖、编译及配置方法，旨在帮助用户顺利完成GROMACS的安装。
本文目录导读：
GROMACS是一款高性能的分子动力学模拟软件，广泛应用于生物物理、化学、材料科学等领域，在Ubuntu系统下安装GROMACS，可以充分利用Linux系统的稳定性和高效性，以下是在Ubuntu系统上安装GROMACS的详细步骤。
安装前的准备工作
1、更新系统
在终端中输入以下命令，更新系统软件包：
sudo apt update sudo apt upgrade
2、安装依赖软件
GROMACS依赖于一些其他软件，如CMake、GCC、OpenMPI等，在终端中输入以下命令，安装所需依赖：
sudo apt install cmake gfortran libopenmpi-dev
下载GROMACS源代码
1、访问GROMACS官方网站（https://www.gromacs.org/），找到最新版本的源代码下载链接。
2、在终端中使用wget命令下载源代码，
wget https://github.com/gromacs/gromacs/releases/download/2021.2/gromacs-2021.2.tar.gz
这里以2021.2版本为例，请根据实际情况选择合适版本。
编译安装GROMACS
1、解压源代码
tar -zxf gromacs-2021.2.tar.gz cd gromacs-2021.2
2、创建构建目录
mkdir build cd build
3、使用CMake配置编译选项
cmake ..
4、编译安装
make -j4 sudo make install
这里使用4线程进行编译，可根据实际CPU核心数进行调整。
验证安装
1、在终端中输入以下命令，检查GROMACS版本：
gmx --version
2、如果返回正确版本信息，则表示安装成功。
使用GROMACS进行分子动力学模拟
1、准备模拟所需的拓扑文件、坐标文件等。
2、使用GROMACS命令进行模拟，
gmx grompp -f md.mdp -c conf.gro -p topol.top -o md.tpr gmx mdrun -v -deffnm md
这里以简单的NVT模拟为例，具体参数和命令可根据实际需求进行调整。
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本文标签属性：
Ubuntu GROMACS 安装：ubuntu安装gsl
