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本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装和配置LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)的步骤,包括环境搭建、依赖安装、源代码编译及配置过程,旨在帮助用户顺利在Ubuntu上搭建LAMMPS模拟环境。
本文目录导读:
在科学计算领域,LAMMPS(Large-scale AtoMic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款非常强大的分子动力学模拟软件,本文将详细介绍如何在Ubuntu操作系统下安装和配置LAMMPS,帮助您顺利地进行分子动力学模拟。
安装依赖
在安装LAMMPS之前,需要先安装一些依赖库,打开终端,执行以下命令:
sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential sudo apt-get install libfftw3-dev sudo apt-get install libmpich-dev sudo apt-get install libgsl-dev
下载LAMMPS源代码
LAMMPS的源代码可以从其官方网站(https://lammps.sandia.gov/)下载,在终端中执行以下命令:
wget https://lammps.sandia.gov/download/lammps-2021-12-31.tar.gz tar -zxvf lammps-2021-12-31.tar.gz cd lammps-2021-12-31
这里以2021年12月31日的版本为例,您可以根据实际情况选择最新版本。
配置LAMMPS
在LAMMPS目录下,有一个名为“Makefile”的文件,用于配置编译选项,根据您的需要,可以修改该文件,以下是一个常用的配置示例:
选择并行计算库 MPICC=mpicc MPICXX=mpicxx 选择编译器 CC=gcc CXX=g++ 选择编译器优化选项 OPT=-O3 选择LAMMPS编译选项 LAMMPS_CPPFLAGS=-DLAMMPS_BIGPIC -DLAMMPS坎坷 -DFFT_FFTW3 -DMPICH LAMMPS/package= yes LAMMPS/lib= -lfftw3 -lm -lgsl 生成Makefile make
编译LAMMPS
在配置完成后,执行以下命令编译LAMMPS:
make yes-mpich make
编译完成后,在目录下会生成一个名为“lmp”的可执行文件。
测试LAMMPS
为了验证LAMMPS是否安装成功,可以执行以下命令运行一个简单的测试:
./lmp -in in.lj
in.lj
是一个测试脚本文件,您可以在LAMMPS安装目录下找到它,运行后,LAMMPS会输出一些信息,并在终端显示模拟结果。
配置环境变量
为了方便使用LAMMPS,可以将LAMMPS的安装路径添加到环境变量中,打开终端,执行以下命令:
echo 'export PATH=$PATH:/path/to/lammps-2021-12-31' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc
将/path/to/lammps-2021-12-31
替换为LAMMPS的安装路径。
至此,LAMMPS在Ubuntu下的安装和配置就完成了,下面是50个与本文相关的中文关键词:
Ubuntu, LAMMPS, 安装, 配置, 编译, 依赖库, 源代码, Makefile, 并行计算, 优化选项, 测试, 环境变量, 分子动力学, 模拟, 科学计算, FFTW3, GSL, MPI, 编译器, 优化, 运行, 脚本, 路径, 修改, 生成, 可执行文件, 模拟结果, 显示, 输出, 信息, 添加, 终端, 命令, 文件, 下载, 解压, 目录, 例子, 选择, 选项, 验证, 成功, 提示, 注意, 环境, 变量
本文标签属性:
Ubuntu LAMMPS 配置:ubuntu laptopmode