推荐阅读:
[AI-人工智能]免翻墙的AI利器：樱桃茶·智域GPT，让你轻松使用ChatGPT和Midjourney - 免费AIGC工具 - 拼车/合租账号 八折优惠码: AIGCJOEDISCOUNT2024
[AI-人工智能]银河录像局: 国内可靠的AI工具与流媒体的合租平台 高效省钱、现号秒发、翻车赔偿、无限续费|95折优惠码: AIGCJOE
[AI-人工智能]免梯免翻墙-ChatGPT拼车站月卡 | 可用GPT4/GPT4o/o1-preview | 会话隔离 | 全网最低价独享体验ChatGPT/Claude会员服务
[AI-人工智能]边界AICHAT - 超级永久终身会员激活 史诗级神器，口碑炸裂！300万人都在用的AI平台
本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下配置LAMMPS及其所需的MPI环境的方法。指南涵盖了从安装必要的依赖项到编译LAMMPS并集成MPI的全部步骤，旨在帮助用户顺利搭建适用于高性能计算的LAMMPS环境。
本文目录导读：
LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）是一款广泛使用的开源分子动力学模拟软件，在 Ubuntu 系统下配置 LAMMPS 可以让科研人员和工程师更加方便地进行分子模拟，本文将详细介绍如何在 Ubuntu 系统下安装和配置 LAMMPS。
安装依赖
在安装 LAMMPS 之前，需要先安装一些依赖库，打开终端，输入以下命令：
sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential libfftw3-dev libmpich-dev libopenmpi-dev
这些命令将安装编译器、FFT 库和 MPI 库，这些是编译 LAMMPS 所必需的。
下载 LAMMPS 源代码
LAMMPS 的官方网站提供了源代码的下载链接，你可以访问 https://lammps.sandia.gov/ ，在 "Download" 页面找到最新的稳定版本，将下载的源代码压缩包保存到本地文件夹中。
编译 LAMMPS
1、解压下载的源代码压缩包：
tar -zxvf lammps-<version>.tar.gz
将<version> 替换为实际下载的版本号。
2、进入解压后的文件夹：
cd lammps-<version>
3、编译 LAMMPS：
make serial
这将编译出一个串行版本的 LAMMPS，如果你需要并行计算，可以使用以下命令编译：
make mpi
或者，如果你需要 GPU 加速，可以使用以下命令编译：
make gpu
配置 LAMMPS
1、创建一个新的 LAMMPS 配置文件：
cp src/lmp_linux.cpp src/lmp_linux.cpp.org
2、打开src/lmp_linux.cpp 文件，找到以下代码行：
if (onemb == 1) {
// serial
...
} else if (onemb == 2) {
// mpi
...
} else if (onemb == 3) {
// omp
...
} else if (onemb == 4) {
// gpu
...
}根据你编译的 LAMMPS 版本，将对应的代码行前面的注释去掉，如果你编译的是串行版本，去掉// serial 前面的注释。
3、保存并关闭文件。
4、编译 LAMMPS：
make serial
或者根据你的需求使用相应的编译命令。
测试 LAMMPS
编译完成后，你可以运行一个简单的测试来验证 LAMMPS 是否安装成功，在终端中输入以下命令：
cd src ./lmp_linux -in in.lj
这将运行一个名为in.lj 的测试脚本，如果一切正常，你将在终端中看到模拟的输出结果。
在 Ubuntu 系统下配置 LAMMPS 需要安装依赖库、下载源代码、编译和配置，虽然过程较为繁琐，但通过本文的详细步骤，你应该能够成功安装和配置 LAMMPS，从而开始分子动力学模拟的研究。
以下为 50 个中文相关关键词：
Ubuntu, LAMMPS, 配置, 安装, 依赖库, 编译, 源代码, 串行, 并行, GPU 加速, 测试, 模拟, 分子动力学, 模拟软件, 科学计算, 计算机模拟, 物理模型, 化学反应, 材料科学, 生物医学, 纳米技术, 研究工具, 软件开发, 编程语言, 高性能计算, 跨平台, 系统配置, 性能优化, 调试技巧, 使用经验, 学习资源, 帮助文档, 安装指南, 编译选项, 参数设置, 数据分析, 图形可视化, 计算效率, 并行计算, 软件安装, 硬件要求, 运行环境, 错误处理, 更新维护, 社区支持, 模块化设计, 开源软件, 计算模拟, 学术研究, 科研工具
本文标签属性：
Ubuntu LAMMPS 配置：ubuntu配置mpi
