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本文详细介绍了在Ubuntu环境下安装与配置LAMMPS的步骤，包括如何安装必要的依赖包、编译LAMMPS以及配置MPI。通过遵循这些步骤，用户能够在Ubuntu系统中高效地运行LAMMPS进行分子动力学模拟。
本文目录导读：
LAMMPS（Large-scale AtoMic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款广泛用于分子动力学模拟的开源软件，在Ubuntu环境下配置LAMMPS，可以充分发挥其在高性能计算领域的优势，本文将详细介绍如何在Ubuntu系统中安装和配置LAMMPS。
安装依赖库
在安装LAMMPS之前，需要先安装一些依赖库，打开终端，输入以下命令：
sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential sudo apt-get install libfftw3-dev sudo apt-get install libmpich-dev sudo apt-get install libgsl-dev sudo apt-get install libjpeg-dev sudo apt-get install libpython3-dev
下载LAMMPS源代码
前往LAMMPS官方网站（https://lammps.sandia.gov/）下载最新版本的源代码，将下载的文件保存到指定目录，例如/home/username/lammps。
编译LAMMPS
1、解压源代码包：
tar -xvf lammps-2021-11-11.tar.gz
2、进入解压后的目录：
cd lammps-2021-11-11
3、编译LAMMPS：
make yes-mpich make
编译完成后，在目录下会生成一个名为lmp_2021-11-11的可执行文件。
配置LAMMPS
1、创建一个名为.lammps的文件夹，用于存放LAMMPS的配置文件：
mkdir ~/.lammps
2、创建一个名为lammps.lammps的配置文件，并添加以下内容：
package mpi yes packagekokkos yes kokkos_gather/device yes kokkos_gather/host yes kokkos_sort/device yes kokkos_sort/host yes kokkos_decomposition/device yes kokkos_decomposition/host yes kokkos_neighlist/device yes kokkos_neighlist/host yes kokkos_pair/device yes kokkos_pair/host yes kokkos_either yes kokkos yes
3、将配置文件移动到.lammps文件夹：
mv lammps.lammps ~/.lammps/
运行LAMMPS
1、在终端中运行LAMMPS：
lmp_2021-11-11 < in.lammps
in.lammps是LAMMPS的输入文件，包含了模拟的参数和模型。
2、查看输出结果：
运行结束后，可以在终端中查看输出结果，还可以使用LAMMPS提供的可视化工具，如lammps-py和lammps-viz，来观察模拟过程和结果。
注意事项
1、编译LAMMPS时，可以根据需要选择不同的编译选项，以支持不同的功能。
2、在使用LAMMPS进行大规模模拟时，建议使用高性能计算集群。
3、LAMMPS支持多种分子动力学模型，如经典力场、嵌入原子法等，在使用时，请根据实际需求选择合适的模型。
4、在进行模拟时，需要注意参数的设置，以获得准确的结果。
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本文标签属性：
Ubuntu LAMMPS 配置：ubuntu配置snmp
