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[Linux操作系统]Ubuntu 下 GROMACS 的安装与配置教程|ubuntu g++安装,Ubuntu GROMACS 安装,Ubuntu环境下GROMACS与g++编译器的安装与配置指南

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本文介绍了在Ubuntu操作系统下如何安装和配置GROMACS分子模拟软件,包括使用g++编译器的安装过程,详细阐述了安装步骤及可能遇到的问题和解决方案,为用户提供了清晰的安装指南。

本文目录导读:

  1. 安装依赖
  2. 下载GROMACS源代码
  3. 编译和安装GROMACS
  4. 配置环境变量
  5. 验证安装

GROMACS是一款高性能的分子动力学模拟软件,广泛应用于生物物理、化学和材料科学等领域,在Ubuntu系统中安装GROMACS,可以充分利用Linux系统的高效性能,下面将详细介绍如何在Ubuntu下安装和配置GROMACS。

安装依赖

1、更新系统

确保您的Ubuntu系统已更新到最新版本,在终端中输入以下命令:

sudo apt update
sudo apt upgrade

2、安装编译器和依赖库

安装编译器:

sudo apt install g++ cmake

安装依赖库:

sudo apt install libfftw3-3 libfftw3-dev libopenmpi-dev openmpi-bin

下载GROMACS源代码

1、访问GROMACS官网(https://www.gromacs.org/),找到最新版本的源代码下载链接。

2、在终端中使用wget命令下载源代码:

wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2021.2.tar.gz

3、解压源代码:

tar -zxvf gromacs-2021.2.tar.gz

编译和安装GROMACS

1、切换到解压后的目录:

cd gromacs-2021.2

2、创建一个构建目录并切换到该目录:

mkdir build && cd build

3、使用cmake配置编译选项:

cmake ..

4、编译GROMACS:

make

5、安装GROMACS:

sudo make install

配置环境变量

1、打开终端,输入以下命令编辑bashrc文件:

sudo nano ~/.bashrc

2、在文件末尾添加以下内容:

export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin
export GMXLIB=/usr/local/gromacs/share/gromacs/top

3、保存并退出编辑器。

4、在终端中输入以下命令使环境变量生效:

source ~/.bashrc

验证安装

在终端中输入以下命令,查看GROMACS版本信息:

gmx version

如果返回了正确的版本信息,则表示GROMACS安装成功。

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