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本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装与配置LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）的步骤，包括必要的依赖安装、编译过程以及环境变量的设置，为科研工作者和开发者提供了Ubuntu LAMMPS搭建的完整教程。

本文目录导读：

安装依赖
下载LAMMPS源代码
编译LAMMPS
配置LAMMPS
测试LAMMPS

LAMMPS（Large-scale AtoMic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款广泛用于分子动力学模拟的开源软件，本文将详细介绍如何在Ubuntu操作系统下安装和配置LAMMPS，帮助读者顺利开展分子动力学模拟研究。

安装依赖

在安装LAMMPS之前，需要先安装一些依赖库，打开终端，输入以下命令：

sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential libfftw3-dev libmpich-dev libopenmpi-dev

这些命令将安装编译器、FFTW库（用于快速傅里叶变换）、MPICH和OpenMPI（用于并行计算）。

下载LAMMPS源代码

访问LAMMPS官网（https://lammps.sandia.gov/），在“DownlOAd”页面找到最新的稳定版本，复制源代码下载链接，然后在终端中使用wget命令下载源代码：

wget https://lammps.sandia.gov/下载链接

下载完成后，解压源代码：

tar -zxvf lammps-版本号.tar.gz

编译LAMMPS

进入解压后的目录，编译LAMMPS：

cd lammps-版本号/src
make yes-all
make

编译过程中，make命令会根据系统环境自动选择合适的编译器，编译完成后，在src目录下会生成一个名为lammps的执行文件。

配置LAMMPS

1、创建LAMMPS配置文件

在lammps-版本号目录下创建一个名为lammps.config的文件，内容如下：

通用配置
package		mpi yes
package	fft	nekrs
并行计算配置
communicate single yes

2、修改环境变量

打开终端，输入以下命令，编辑.bashrc文件：

nano ~/.bashrc

在文件末尾添加以下内容：

export PATH=$PATH:/path/to/lammps-版本号/src
export LAMMPS lammps-版本号/src/lammps

将/path/to/lammps-版本号替换为实际路径，保存并退出编辑器。

3、刷新环境变量

在终端输入以下命令，使环境变量生效：

source ~/.bashrc

测试LAMMPS

在终端输入以下命令，运行一个简单的LAMMPS测试：

lammps < in.lj

in.lj是LAMMPS的输入文件，可以在lammps-版本号/examples目录下找到，如果LAMMPS正常运行，终端会输出模拟结果。

本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装和配置LAMMPS的步骤，通过以上操作，您已经成功安装了LAMMPS，并可以开始进行分子动力学模拟研究。

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