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本文详细介绍在Ubuntu操作系统下安装与配置GROMACS仿真软件的步骤，包括安装必要的依赖库GSL。指南涵盖从软件下载、编译安装到环境配置的完整过程，为用户提供清晰的安装路径。
本文目录导读：
在科学计算领域，GROMACS（Groningen Machine for CheMical Simulations）是一款广泛使用的开源分子动力学模拟软件，本文将详细介绍如何在Ubuntu操作系统下安装GROMACS，帮助读者快速上手。
安装前的准备
1、系统要求：本文以Ubuntu 20.04 LTS为例进行讲解，其他版本的Ubuntu操作系统也可以参考本文进行安装。
2、安装依赖：在安装GROMACS之前，需要安装一些依赖库，打开终端，执行以下命令：
sudo apt update sudo apt install -y cmake gfortran libopenmpi-dev libfftw3-dev libfftw3-3 libboost-all-dev
安装GROMACS
1、下载GROMACS源代码：访问GROMACS官方网站（http://www.gromacs.org/），下载最新版本的源代码，本文以2021年发布的GROMACS 2021.2版本为例。
2、解压源代码：将下载的源代码文件（gromacs-2021.2.tar.gz）移动到合适的目录，然后解压：
tar -zxvf gromacs-2021.2.tar.gz cd gromacs-2021.2
3、编译安装：在源代码目录下，创建一个名为“build”的文件夹，并进入该文件夹：
mkdir build cd build
使用cmake进行编译配置：
cmake ..
根据提示选择合适的编译选项，
cmake -DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs ..
开始编译：
make -j4
-j4表示使用4个线程进行编译，以提高编译速度，根据计算机性能，可以适当调整线程数。
4、安装：编译完成后，执行以下命令安装GROMACS：
sudo make install
配置环境变量
1、打开终端，编辑~/.bashrc文件：
nano ~/.bashrc
2、在文件末尾添加以下内容：
export PATH=/usr/local/gromacs/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/gromacs/lib:$LD_LIBRARY_PATH
3、保存并退出编辑器，然后执行以下命令使环境变量生效：
source ~/.bashrc
测试安装
在终端中输入以下命令，查看GROMACS版本信息：
gmx version
如果输出结果中包含“GROMACS 2021.2”，则表示安装成功。
本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装GROMACS的步骤，包括安装依赖、编译安装、配置环境变量等，通过本文的指导，读者可以顺利完成GROMACS的安装，为后续的分子动力学模拟工作打下基础。
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