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本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装与配置LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)的步骤。内容涵盖了从源代码编译安装到相关依赖的解决,以及如何进行基本的配置和测试,为科研工作者和开发者提供了便捷的Ubuntu LAMMPS搭建教程。
本文目录导读:
LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款开源的分子动力学模拟软件,广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域,本文将详细介绍如何在Ubuntu系统下安装和配置LAMMPS。
安装依赖
在安装LAMMPS之前,需要先安装一些依赖库,打开终端,执行以下命令:
sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential sudo apt-get install libfftw3-dev sudo apt-get install libmpich-dev mpich sudo apt-get install libgsl-dev
下载LAMMPS源码
访问LAMMPS官方网站(https://lammps.sandia.gov/)下载最新版本的源码,将下载的文件解压到指定目录。
编译LAMMPS
在解压后的LAMMPS源码目录下,执行以下命令:
cd lammps-2021-11-23/ make yes-mpich make
这里使用的是mpich并行环境,如果需要使用其他并行环境,可以在make命令前加上相应的参数,如make yes-gpu
(针对NVIDIA GPU)。
配置LAMMPS
1、创建配置文件
在lammps-2021-11-23目录下创建一个名为lammps.sh的脚本文件,并输入以下内容:
#!/bin/bash export PATH=/path/to/lammps-2021-11-23/src/:$PATH export LAMMPS lammps-2021-11-23/src/lmp_omp
将/path/to/lammps-2021-11-23/src/替换为实际的LAMMPS源码目录,保存并关闭文件。
2、运行配置脚本
在终端中运行以下命令:
source lammps.sh
测试LAMMPS
在终端中输入以下命令,运行LAMMPS自带的示例:
lmp_omp -in in.lj
如果能够正常输出结果,说明LAMMPS安装成功。
使用LAMMPS
1、编写输入文件
根据需要编写LAMMPS的输入文件,例如in.lj,输入文件包含了模拟过程中所需的所有参数和指令。
2、运行LAMMPS
在终端中运行以下命令,启动LAMMPS模拟:
lmp_omp -in in.lj
3、查看结果
模拟结束后,可以在终端中查看输出结果,LAMMPS还会生成一系列的数据文件,如dump文件、energy文件等,用于后续的分析和处理。
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