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本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装与配置LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）的步骤。内容涵盖了从源代码编译安装到相关依赖的解决，以及如何进行基本的配置和测试，为科研工作者和开发者提供了便捷的Ubuntu LAMMPS搭建教程。
本文目录导读：
LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款开源的分子动力学模拟软件，广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域，本文将详细介绍如何在Ubuntu系统下安装和配置LAMMPS。
安装依赖
在安装LAMMPS之前，需要先安装一些依赖库，打开终端，执行以下命令：
sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential sudo apt-get install libfftw3-dev sudo apt-get install libmpich-dev mpich sudo apt-get install libgsl-dev
下载LAMMPS源码
访问LAMMPS官方网站（https://lammps.sandia.gov/）下载最新版本的源码，将下载的文件解压到指定目录。
编译LAMMPS
在解压后的LAMMPS源码目录下，执行以下命令：
cd lammps-2021-11-23/ make yes-mpich make
这里使用的是mpich并行环境，如果需要使用其他并行环境，可以在make命令前加上相应的参数，如make yes-gpu（针对NVIDIA GPU）。
配置LAMMPS
1、创建配置文件
在lammps-2021-11-23目录下创建一个名为lammps.sh的脚本文件，并输入以下内容：
#!/bin/bash export PATH=/path/to/lammps-2021-11-23/src/:$PATH export LAMMPS lammps-2021-11-23/src/lmp_omp
将/path/to/lammps-2021-11-23/src/替换为实际的LAMMPS源码目录，保存并关闭文件。
2、运行配置脚本
在终端中运行以下命令：
source lammps.sh
测试LAMMPS
在终端中输入以下命令，运行LAMMPS自带的示例：
lmp_omp -in in.lj
如果能够正常输出结果，说明LAMMPS安装成功。
使用LAMMPS
1、编写输入文件
根据需要编写LAMMPS的输入文件，例如in.lj，输入文件包含了模拟过程中所需的所有参数和指令。
2、运行LAMMPS
在终端中运行以下命令，启动LAMMPS模拟：
lmp_omp -in in.lj
3、查看结果
模拟结束后，可以在终端中查看输出结果，LAMMPS还会生成一系列的数据文件，如dump文件、energy文件等，用于后续的分析和处理。
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