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本文详细介绍了在Ubuntu环境下安装与配置LAMMPS的步骤。从安装依赖库开始，逐步讲解了如何下载、编译和安装LAMMPS，以及如何进行相关配置，帮助用户在Ubuntu系统中顺利使用LAMMPS进行分子动力学模拟。
本文目录导读：
LAMMPS（Large-scale AtoMic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款强大的分子动力学模拟软件，广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域，本文将详细介绍如何在Ubuntu环境下安装和配置LAMMPS，帮助读者快速上手。
安装Ubuntu操作系统
1、下载Ubuntu镜像文件，推荐使用Ubuntu 20.04 LTS版本。
2、制作启动U盘，可以使用UltraISO等软件将镜像文件写入U盘。
3、开启计算机，进入BIOS设置，将U盘设置为第一启动项。
4、按照提示安装Ubuntu操作系统。
安装LAMMPS所需的依赖库
在安装LAMMPS之前，需要先安装一些依赖库，打开终端，执行以下命令：
sudo apt update sudo apt install -y build-essential gfortran libfftw3-dev libmpich-dev libopenmpi-dev libjpeg-dev
下载和安装LAMMPS
1、访问LAMMPS官方网站（https://lammps.sandia.gov/）下载最新版本的源代码。
2、将下载的源代码文件解压到指定目录。
3、打开终端，进入解压后的目录，执行以下命令：
make yes-all make
4、安装完成后，在终端中输入以下命令，测试LAMMPS是否安装成功：
mpirun -np 4 lmp_serial -in in.lj
如果终端中出现LAMMPS的版本信息，则表示安装成功。
配置LAMMPS
1、创建LAMMPS配置文件
在LAMMPS安装目录下创建一个名为“lammps.conf”的文件，内容如下：
package mpi yes package mpi libraries mpi mpich mpicxx -lmpich -lmpicxx
2、配置环境变量
打开终端，输入以下命令，编辑bash配置文件：
sudo gedit ~/.bashrc
在文件末尾添加以下内容：
export PATH=$PATH:/path/to/lammps/src export LAMMPS_HOME=/path/to/lammps/src
/path/to/lammps/src 为LAMMPS安装目录，保存并关闭文件。
3、重新加载bash配置文件：
source ~/.bashrc
使用LAMMPS进行分子动力学模拟
1、编写输入文件
在LAMMPS安装目录下创建一个名为“in.lj”的输入文件，内容如下：
units metal dimension 3 boundary p p p atom_style atom read_data data.lj pair_style lj/cut 2.5 pair_coeff 1 1 1.0 1.0 2.5 neighbor 2.0 bin neigh_modify exclude pair < 2.5 fix 1 all nve run 100
2、运行LAMMPS
在终端中输入以下命令，运行LAMMPS：
mpirun -np 4 lmp_serial -in in.lj
-np 4 表示使用4个进程进行计算。
本文详细介绍了在Ubuntu环境下安装和配置LAMMPS的过程，希望对读者有所帮助，通过掌握LAMMPS的使用，您可以更好地进行分子动力学模拟研究。
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Ubuntu：ubuntu ipv4设置
LAMMPS安装配置：lamp安装教程
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