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本文详细介绍了在Ubuntu环境下安装与配置LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）的步骤，旨在帮助用户高效完成安装和基本设置，为后续的物理模拟和计算任务打下基础。

本文目录导读：

安装依赖库
下载LAMMPS源代码
编译LAMMPS
配置LAMMPS
注意事项

LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）是一款强大的分子动力学模拟软件，广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域，本文将详细介绍如何在Ubuntu环境下安装和配置LAMMPS，帮助读者快速上手。

安装依赖库

在安装LAMMPS之前，需要先安装一些依赖库，打开终端，输入以下命令：

sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install libfftw3-dev
sudo apt-get install libmpich-dev mpich
sudo apt-get install libgsl-dev

这些命令将安装编译器、FFTW库（用于快速傅里叶变换）、MPICH库（用于并行计算）和GSL库（用于科学计算）。

下载LAMMPS源代码

访问LAMMPS官方网站（https://lammps.sandia.gov/），下载最新版本的源代码，将下载的文件解压到指定目录，例如/home/username/lammps。

编译LAMMPS

在LAMMPS源代码目录下，创建一个名为make的文件夹，用于存放编译过程中生成的文件，在终端中执行以下命令：

cd /home/username/lammps/src
make yes-all
make machine = gnu

第一个命令将进入LAMMPS源代码目录，第二个命令将编译所有可选的包，第三个命令将使用GNU编译器进行编译。

编译完成后，在make目录下会生成一个名为lmp的可执行文件，这个文件就是LAMMPS的主程序。

配置LAMMPS

为了更好地使用LAMMPS，我们需要对其进行配置，以下是一些常用的配置选项：

1、修改lammps.lmp文件

在lammps.lmp文件中，可以设置LAMMPS的初始参数，如模拟盒的大小、粒子数、初始速度等，以下是一个简单的示例：

units metal
dimension 3
boundary p p p
atom_style atomic

2、编写输入脚本

在LAMMPS源代码目录下，创建一个名为input的文件夹，用于存放输入脚本，输入脚本包含了模拟过程中的所有指令，如粒子初始化、力场设置、模拟过程等，以下是一个简单的输入脚本示例：

units metal
dimension 3
boundary p p p
atom_style atomic
read_data data.lammps
pair_style lj/cut 2.5
pair_coeff * * 1.0 1.0 2.5
velocity all create 300 123456
fix 1 all nve
run 1000

3、运行LAMMPS

在终端中，进入input文件夹，然后执行以下命令：

mpirun -np 4 /home/username/lammps/src/make/lmp < input/in.lammps > output.log

mpirun是并行计算命令，-np 4表示使用4个进程进行计算，input/in.lammps是输入脚本的文件名，output.log是输出日志文件。

注意事项

1、确保安装了所有依赖库，否则编译过程中可能会出现错误。

2、编译LAMMPS时，可以根据需要选择不同的编译选项，以优化性能。

3、输入脚本编写时，请注意参数的设置和格式，以免运行出错。

4、LAMMPS支持多种力场模型，可根据实际需求选择合适的模型。

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