推荐阅读:
[AI-人工智能]免翻墙的AI利器:樱桃茶·智域GPT,让你轻松使用ChatGPT和Midjourney - 免费AIGC工具 - 拼车/合租账号 八折优惠码: AIGCJOEDISCOUNT2024
[AI-人工智能]银河录像局: 国内可靠的AI工具与流媒体的合租平台 高效省钱、现号秒发、翻车赔偿、无限续费|95折优惠码: AIGCJOE
[AI-人工智能]免梯免翻墙-ChatGPT拼车站月卡 | 可用GPT4/GPT4o/o1-preview | 会话隔离 | 全网最低价独享体验ChatGPT/Claude会员服务
[AI-人工智能]边界AICHAT - 超级永久终身会员激活 史诗级神器,口碑炸裂!300万人都在用的AI平台
本文为您详细介绍了在OpenSUSE上安装GROMACS的步骤。我们需要更新系统并安装必要的依赖库。通过添加GROMACS的源代码到系统源列表中,并编译安装。在安装完成后,我们可以通过运行GROMACS的测试脚本来验证安装是否成功。这个指南适用于希望在自己的openSUSE系统中安装并使用GROMACS的用户。
本文目录导读:
GROMACS(GROningen MAchine for Chemical Simulations)是一个广泛应用于生物物理学和计算化学领域的开源分子动力学模拟软件,它能够用来研究生物大分子的结构、动态和相互作用,在openSUSE上安装GROMACS是一个相对简单的过程,下面将为您提供详细的安装指南。
准备工作
1、确保您的openSUSE系统已更新到最新版本。
2、安装必要的依赖软件,如gcc、g++、make、git等。
3、安装FFTW(Fastest Fourier Transform in the West)库,它是GROMACS的重要组成部分,可以使用以下命令安装:
sudo zypper install fftw
4、安装BLAS(Basic Linear Algebra Subprograms)库,它是GROMACS的另一重要组成部分,可以使用以下命令安装:
sudo zypper install blas
5、安装 Lapack 库,它是 BLAS 库的补充,也是 GROMACS 所需的,可以使用以下命令安装:
sudo zypper install lapack
6、安装OpenMPI(Open Message Passing Interface)库,它是GROMACS进行并行计算时所需的,可以使用以下命令安装:
sudo zypper install openmpi
下载GROMACS源代码
1、访问GROMACS官方网站(https://www.gromacs.org/download/),选择合适的版本下载。
2、将下载的源代码包解压,
tar -zxvf gromacs-2020.1.tar.gz
3、进入解压后的目录,
cd gromacs-2020.1
编译和安装GROMACS
1、准备编译环境,编辑Makefile
文件,设置适合您系统的编译选项。
make clean make distclean export FC=gfortran export CC=gcc export CXX=g++ export F77=gfortran export FCFLAGS=-fPIC export CFLAGS=-fPIC -O2 export CXXFLAGS=-fPIC -O2
2、开始编译,使用以下命令:
make
3、安装编译后的GROMACS,使用以下命令:
make install
测试GROMACS安装
1、进入GROMACS安装目录,
cd ~/gromacs-2020.1/bin
2、运行一个简单的GROMACS例子,
gmx_mpi mdrun -deffnm test
3、检查输出文件,确认GROMACS安装成功。
通过以上步骤,您应该已经在openSUSE上成功安装了GROMACS,在实际应用中,您可以根据需要调整编译选项,以优化GROMACS的性能,如果您在使用过程中遇到问题,可以参考GROMACS官方文档或寻求社区帮助。
以下是与本文相关的关键词:
openSUSE, GROMACS, 安装指南, 分子动力学, 生物物理学, 计算化学, 开源软件, FFTW, BLAS, Lapack, OpenMPI, 并行计算, 编译选项, 性能优化, 官方文档, 社区帮助.
本文标签属性:
openSUSE GROMACS 安装:opensuse15.2安装教程