[Linux操作系统]Ubuntu下LAMMPS的安装与配置详解|ubuntu配置mpi,Ubuntu LAMMPS 配置,Linux操作系统,云主机博士

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本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装与配置LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）的步骤，包括如何配置MPI环境以支持并行计算。通过逐步指导，用户可顺利完成LAMMPS的安装与优化，提升模拟效率。

本文目录导读：

安装依赖
下载LAMMPS源代码
编译LAMMPS
配置LAMMPS
运行LAMMPS

LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款广泛用于分子动力学模拟的开源软件，它支持多种原子和分子系统的模拟，包括金属、半导体、生物分子、纳米材料等，在Ubuntu操作系统下安装和配置LAMMPS相对简单，本文将详细介绍如何在Ubuntu系统中安装和配置LAMMPS。

安装依赖

在安装LAMMPS之前，需要先安装一些依赖库，打开终端，输入以下命令：

sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install libfftw3-dev
sudo apt-get install libmpich-dev mpich
sudo apt-get install libgsl-dev

这些命令将安装编译器、FFTW库（用于快速傅里叶变换）、MPI库（用于并行计算）和GSL库（用于数学计算）。

下载LAMMPS源代码

LAMMPS的源代码可以从其官方网站（https://lammps.sandia.gov/）下载，在终端中，使用以下命令下载最新版本的LAMMPS源代码：

wget https://lammps.sandia.gov/swap/lammps-2021-08-10.tar.gz

将下载的文件解压到指定目录：

tar -zxvf lammps-2021-08-10.tar.gz -C /path/to/your/directory

编译LAMMPS

进入LAMMPS源代码目录，创建一个名为“build”的文件夹，并进入该文件夹：

cd /path/to/lammps-2021-08-10
mkdir build
cd build

在“build”文件夹中，运行以下命令编译LAMMPS：

cmake ..
make

编译完成后，在“build”文件夹中会生成一个名为“lmp”的可执行文件。

配置LAMMPS

LAMMPS支持多种编译选项，可以通过修改“CMakeCache.txt”文件或使用“ccmake”命令进行配置，以下是一个简单的配置示例：

1、打开“CMakeCache.txt”文件，找到以下行：

CMAKE_C_COMPILER:STRING=/usr/bin/gcc
CMAKE_CXX_COMPILER:STRING=/usr/bin/g++

将其修改为：

CMAKE_C_COMPILER:STRING=/usr/bin/mpicc
CMAKE_CXX_COMPILER:STRING=/usr/bin/mpicxx

2、找到以下行：

LAMMPS BUILD嗜好:STRING=serial

将其修改为：

LAMMPS BUILD嗜好:STRING=parallel

3、保存并关闭文件。

4、在终端中，进入“build”文件夹，运行以下命令：

cmake ..
make

重新编译LAMMPS。

运行LAMMPS

编译完成后，在“build”文件夹中运行以下命令启动LAMMPS：

./lmp

LAMMPS将进入命令行模式，可以输入各种命令进行分子动力学模拟。

本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装和配置LAMMPS的过程，通过以上步骤，用户可以成功安装LAMMPS并在Ubuntu系统中进行分子动力学模拟。

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