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本文详细介绍在openSUSE系统中安装GROMACS的步骤,涵盖从系统环境准备到软件安装的完整过程,为用户提供清晰的安装指南。
本文目录导读:
GROMACS是一款高性能的分子动力学模拟软件,广泛应用于生物信息学、化学、物理学等领域,openSUSE是一个功能强大、稳定性高的Linux发行版,本文将详细介绍如何在openSUSE系统下安装GROMACS,帮助读者顺利搭建分子动力学模拟环境。
安装前的准备工作
1、确保系统已更新:在终端中输入以下命令,确保系统软件包已更新到最新版本。
```
sudo zypper refresh
sudo zypper update
```
2、安装编译工具:安装编译工具,以便编译GROMACS源代码。
```
sudo zypper install gcc gcc-c++ make
```
3、安装依赖库:安装GROMACS所需的依赖库。
```
sudo zypper install fftw3 fftw3-devel
```
4、安装Python和相关库:安装Python以及用于处理数据的Python库。
```
sudo zypper install python python-numpy python-scipy
```
下载GROMACS源代码
1、访问GROMACS官方网站(https://www.gromacs.org/),在“DownlOAd”页面找到最新版本的源代码压缩包。
2、将压缩包下载到本地计算机。
3、解压压缩包:
```
tar -zxvf gromacs-2021.2.tar.gz
```
编译和安装GROMACS
1、进入解压后的目录:
```
cd gromacs-2021.2
```
2、配置编译选项:
```
./configure --prefix=/usr/local/gromacs --with-fft=fftw3
```
这里将GROMACS安装到/usr/local/gromacs目录下,使用fftw3作为FFT库。
3、编译和安装:
```
make
sudo make install
```
配置环境变量
1、打开终端,编辑~/.bashrc文件:
```
nano ~/.bashrc
```
2、在文件末尾添加以下内容:
```
export PATH=/usr/local/gromacs/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/gromacs/lib:$LD_LIBRARY_PATH
```
3、保存并退出编辑器。
4、在终端中输入以下命令,使环境变量生效:
```
source ~/.bashrc
```
测试安装
在终端中输入以下命令,检查GROMACS版本:
gmx version
如果返回正确的版本信息,则表示GROMACS安装成功。
本文详细介绍了在openSUSE系统下安装GROMACS的步骤,通过以上步骤,您可以成功搭建分子动力学模拟环境,为后续的科研工作提供有力支持。
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本文标签属性:
openSUSE GROMACS 安装:opensuse安装图形界面