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本文介绍了在Ubuntu系统下如何安装GROMACS模拟软件及其依赖库GSL。通过详细步骤指导，用户可以顺利完成Ubuntu中GROMACS的配置和安装，为后续分子动力学模拟提供基础。
本文目录导读：
GROMACS是一款高性能的分子动力学模拟软件，广泛应用于生物物理、化学、材料科学等领域，在Ubuntu系统下安装GROMACS相对简单，本文将详细介绍安装过程。
安装前的准备工作
1、更新系统
在安装GROMACS之前，首先确保你的Ubuntu系统是最新的，打开终端，输入以下命令：
sudo apt update sudo apt upgrade
2、安装依赖
GROMACS依赖于一些外部库和工具，需要先安装这些依赖，输入以下命令：
sudo apt install -y cmake gfortran libopenmpi-dev openmpi-bin libfftw3-dev libfftw3-3
安装GROMACS
1、下载GROMACS源代码
访问GROMACS官方网站（http://www.gromacs.org/），找到最新版本的源代码下载链接，以4.6.7版本为例，输入以下命令：
wget http://www.gromacs.org/download.php?file=gromacs-4.6.7.tar.gz
2、解压源代码
下载完成后，解压源代码：
tar -zxvf gromacs-4.6.7.tar.gz
3、编译安装
进入解压后的文件夹，编译安装GROMACS：
cd gromacs-4.6.7 mkdir build && cd build cmake .. make sudo make install
4、验证安装
安装完成后，输入以下命令验证安装：
gmx --version
如果返回GROMACS的版本信息，则表示安装成功。
使用GROMACS
1、配置环境变量
为了让GROMACS命令在终端中全局可用，需要配置环境变量，打开终端，输入以下命令：
nano ~/.bashrc
在打开的文件中，添加以下内容：
export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin export GMXLDLIBS=/usr/local/gromacs/lib
保存并退出文件，然后在终端中输入以下命令使环境变量生效：
source ~/.bashrc
2、运行示例
GROMACS安装目录中有一个名为example的文件夹，里面包含了一些示例文件，我们可以运行其中一个示例来验证GROMACS是否可以正常工作，在终端中输入以下命令：
cd /usr/local/gromacs/share/gromacs/top gmx mdrun -deffnm example
等待一段时间，如果运行成功，将会在终端中看到输出结果。
本文详细介绍了在Ubuntu系统下安装GROMACS的过程，包括更新系统、安装依赖、下载和编译GROMACS源代码以及验证安装，通过这篇文章，相信你已经成功安装了GROMACS，并可以开始进行分子动力学模拟。
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