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本文详细介绍了在openSUSE系统下安装和配置LAMMPS的步骤,包括openSUSE网络设置以及LAMMPS的安装和优化,旨在帮助用户顺利完成LAMMPS在openSUSE环境中的部署和使用。
本文目录导读:
LAMMPS(Large-scale AtoMic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款开源的分子动力学模拟软件,广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域,本文将详细介绍如何在 openSUSE 系统下安装和配置 LAMMPS,帮助读者快速上手。
openSUSE 系统准备
1、更新系统
在开始安装 LAMMPS 之前,请确保您的 openSUSE 系统已更新到最新版本,打开终端,执行以下命令:
sudo zypper refresh sudo zypper update
2、安装编译工具
LAMMPS 需要编译安装,因此需要安装编译工具,在终端中执行以下命令:
sudo zypper install gcc gcc-c++ make
LAMMPS 安装
1、下载 LAMMPS 源码
访问 LAMMPS 官方网站(https://lammps.sandia.gov/),下载最新版本的源码,将下载的文件解压到指定目录。
2、编译 LAMMPS
打开终端,进入 LAMMPS 源码目录,执行以下命令:
make clean make yes-all make
编译完成后,在src
目录下会生成一个名为lmp
的可执行文件。
3、将 LAMMPS 加入环境变量
打开终端,编辑~/.bashrc
文件,添加以下内容:
export PATH=$PATH:/path/to/lammps/src
其中/path/to/lammps/src
为 LAMMPS 源码目录的路径,保存并退出编辑器,然后执行以下命令使环境变量生效:
source ~/.bashrc
LAMMPS 配置
1、安装 Python 绑定
LAMMPS 支持使用 Python 进行脚本编写,因此需要安装 Python 绑定,在终端中执行以下命令:
sudo zypper install python3 sudo zypper install python3-numpy
2、安装 VMD 视图软件
VMD 是一款强大的分子可视化软件,可以与 LAMMPS 结合使用,在终端中执行以下命令:
sudo zypper install vmd
3、配置 LAMMPS 参数
在 LAMMPS 源码目录下,有一个名为lammps.src
的文件,用于配置 LAMMPS 参数,根据需要修改该文件中的相关参数,
LAMMPSershell = /path/to/lammps/src/lmp LAMMPSpackage = /path/to/lammps/src LAMMPSplugins = /path/to/lammps/plugins LAMMPSpython = /usr/bin/python3 LAMMPSnumpy = /usr/lib64/python3.6/site-packages/numpy
保存并退出编辑器。
测试 LAMMPS
1、运行示例脚本
在 LAMMPS 源码目录下,有一个名为examples
的文件夹,其中包含了一些示例脚本,运行以下命令,测试 LAMMPS 是否安装成功:
lmp -in examples/cookie/in.cookie
2、使用 VMD 观察结果
运行以下命令,使用 VMD 打开 LAMMPS 模拟结果:
vmd examples/cookie/data-cookie
本文详细介绍了在 openSUSE 系统下安装和配置 LAMMPS 的过程,通过遵循上述步骤,您应该能够成功安装 LAMMPS 并开始进行分子动力学模拟,在实际使用过程中,请根据需要调整 LAMMPS 参数,以获得最佳的模拟效果。
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本文标签属性:
配置指南:dhcpsnooping配置指南
openSUSE LAMMPS 配置:opensuse ssh