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本文介绍了在openSUSE系统中安装与配置LAMMPS的详细步骤。通过遵循指南,用户可在openSUSE i3wm环境下顺利安装LAMMPS,并进行相关配置,以实现高效的分子动力学模拟。
本文目录导读:
LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款强大的分子动力学模拟软件,广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域,本文将详细介绍如何在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS,帮助读者快速上手使用这款软件。
安装openSUSE系统
1、下载openSUSE镜像文件:访问openSUSE官网,选择合适的版本和镜像文件进行下载。
2、安装openSUSE系统:使用USB启动盘或光盘启动计算机,按照提示进行安装。
3、更新系统:安装完成后,打开终端,输入以下命令更新系统:
sudo zypper ref sudo zypper up
安装LAMMPS依赖库
LAMMPS在编译和运行过程中需要依赖一些外部库,以下是在openSUSE系统中安装这些依赖库的步骤:
1、安装编译工具:
sudo zypper install gcc gcc-c++ make
2、安装数学库:
sudo zypper install lapack blas
3、安装并行计算库:
sudo zypper install mpich
4、安装Python库(可选,用于运行LAMMPS脚本):
sudo zypper install python python-numpy
下载和编译LAMMPS
1、下载LAMMPS源代码:访问LAMMPS官网,选择合适的版本进行下载。
2、解压源代码:
tar -zxvf lammps-<version>.tar.gz
3、进入LAMMPS源代码目录:
cd lammps-<version>
4、编译LAMMPS:
make
如果需要启用特定的功能,可以在make命令后面添加相应的参数,如:
make yes-mpi yes-kokkos
5、编译完成后,在src目录下会生成可执行文件lmp_serial。
配置LAMMPS
1、创建LAMMPS配置文件:
cp src/lmp_serial ~/lammps/lmp_serial
2、修改配置文件:
打开lammps/lmp_serial文件,根据需要修改以下参数:
-pk
:设置并行计算参数,如-pk intel 4
表示使用4个Intel核心进行并行计算。
-sf
:设置模拟方法,如-sf omp
表示使用OpenMP进行并行计算。
-ps
:设置粒子类型,如-ps 1
表示粒子类型为1。
3、保存配置文件。
运行LAMMPS
1、进入LAMMPS配置文件所在目录:
cd ~/lammps
2、运行LAMMPS:
./lmp_serial
根据需要,可以在命令行中添加参数,如:
./lmp_serial -in in.lammps
in.lammps为LAMMPS输入文件。
本文详细介绍了在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS的步骤,通过掌握这些步骤,读者可以快速搭建起LAMMPS运行环境,为后续的分子动力学模拟研究奠定基础。
以下是50个中文相关关键词:
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本文标签属性:
i3wm 环境配置:i3配win10
openSUSE LAMMPS 配置:opensuse配置无线网络