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本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装与配置LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）的方法。内容包括从源代码编译安装、依赖关系的解决，到配置文件的设置，旨在帮助用户快速掌握Ubuntu下LAMMPS的安装与使用。
本文目录导读：
LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）是一款广泛使用的开源分子动力学模拟软件，在 Ubuntu 系统下安装和配置 LAMMPS，可以让科研工作者和工程师更加方便地进行分子动力学模拟，本文将详细介绍在 Ubuntu 系统下安装和配置 LAMMPS 的步骤。
安装前的准备工作
1、更新系统
在终端中输入以下命令，更新系统软件包：
sudo apt update sudo apt upgrade
2、安装依赖软件
LAMMPS 需要一些依赖软件，以下命令将安装这些依赖：
sudo apt install build-essential git cmake libfftw3-dev libmpich-dev libopenmpi-dev
下载 LAMMPS 源代码
1、克隆 LAMMPS 仓库
在终端中输入以下命令，克隆 LAMMPS 的 GitHub 仓库：
git clone https://github.com/lammps/lammps.git
2、切换到 LAMMPS 目录
cd lammps
编译 LAMMPS
1、创建构建目录
在 LAMMPS 目录下创建一个构建目录：
mkdir build cd build
2、配置 CMake
在终端中输入以下命令，配置 CMake：
cmake ..
3、编译 LAMMPS
在终端中输入以下命令，编译 LAMMPS：
make
编译完成后，在lammps/src 目录下会生成lmp_serial 可执行文件。
安装 LAMMPS
1、安装到系统目录
在终端中输入以下命令，将 LAMMPS 安装到系统目录：
sudo make install
2、配置环境变量
编辑~/.bashrc 文件，添加以下内容：
export PATH=$PATH:/usr/local/lammps/bin
保存并退出编辑器，然后运行以下命令使环境变量生效：
source ~/.bashrc
测试 LAMMPS
在终端中输入以下命令，运行 LAMMPS 的测试案例：
lmp_serial -in in.lj
如果看到类似 "LAMMPS (17 Sep 2021)" 的输出，则表示 LAMMPS 安装成功。
LAMMPS 的使用
1、模拟参数设置
LAMMPS 的输入文件通常为.in 文件，其中包括模拟的参数设置，以下是一个简单的例子：
units metal atom_style atomic boundary p p p neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 5 every 1 check yes
2、运行模拟
在终端中输入以下命令，运行 LAMMPS 模拟：
lmp_serial -in in.lj
3、数据分析
LAMMPS 支持多种数据分析工具，如 VMD、GROMACS 等，可以使用这些工具对模拟结果进行分析。
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