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本文详细介绍了在openSUSE系统中安装与配置LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）的步骤，包括在opensuse i3wm环境下进行的相关操作，旨在帮助用户顺利搭建起模拟计算环境。
本文目录导读：
在科学计算领域，LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）是一款功能强大的分子动力学模拟软件，本文将详细介绍如何在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS，帮助读者快速上手使用这款软件。
openSUSE系统简介
openSUSE是一个基于Linux的开源操作系统，它以其稳定性和安全性而闻名，openSUSE提供了丰富的软件仓库，用户可以轻松安装和管理各种软件。
LAMMPS简介
LAMMPS是一款开源的分子动力学模拟软件，它支持多种类型的原子和分子系统，可以用于材料科学、生物物理、化学等领域的研究，LAMMPS具有高度的可扩展性和并行计算能力，使其成为科研人员的重要工具。
安装LAMMPS前的准备工作
1、更新系统软件包
在安装LAMMPS之前，首先需要确保openSUSE系统中的软件包已经更新到最新版本，打开终端，输入以下命令：
sudo zypper refresh sudo zypper update
2、安装编译器和依赖库
LAMMPS需要编译器（如gcc）和一系列依赖库（如fftw、mpi等），可以使用以下命令安装：
sudo zypper install gcc git make fftw3-devel mpich-devel
安装LAMMPS
1、下载LAMMPS源代码
从LAMMPS的官方网站（https://lammps.sandia.gov/）下载最新版本的源代码，将下载的文件保存到指定的目录。
2、解压源代码
在终端中，切换到源代码所在的目录，使用以下命令解压：
tar -xvf lammps-2021-10-08.tar.gz
3、编译LAMMPS
进入解压后的目录，执行以下命令编译LAMMPS：
cd lammps-2021-10-08 make serial
编译完成后，会在当前目录下生成一个名为lmp_serial的可执行文件。
配置LAMMPS
1、设置环境变量
为了方便使用LAMMPS，需要将LAMMPS的可执行文件路径添加到环境变量中，打开终端，编辑.bashrc文件：
nano ~/.bashrc
在文件末尾添加以下内容：
export PATH=$PATH:/path/to/lammps-2021-10-08
其中/path/to/lammps-2021-10-08是LAMMPS源代码所在的目录，保存并退出编辑器。
2、运行LAMMPS
在终端中，输入以下命令运行LAMMPS：
lmp_serial
LAMMPS会启动并显示命令行界面，等待用户输入命令。
LAMMPS的使用示例
以下是一个简单的LAMMPS使用示例，用于模拟Ar原子的Lennard-Jones系统：
1、创建输入文件
在LAMMPS源代码目录下，创建一个名为in.lj的输入文件，并输入以下内容：
units metal atom_style atomic boundary p p p read_data data.lj pair_style lj/cut 2.5 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes fix 1 all nve thermo 10 dump 1 all atom 10 dump.lj run 100
2、运行模拟
在终端中，输入以下命令运行LAMMPS：
lmp_serial -in in.lj
LAMMPS将根据输入文件in.lj进行模拟，并在终端中输出模拟结果。
本文详细介绍了在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS的步骤，通过这些步骤，用户可以轻松地在openSUSE系统中搭建一个LAMMPS计算环境，进行分子动力学模拟研究。
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本文标签属性：
i3wm 配置：i3wm配置工具
openSUSE LAMMPS 配置：opensuse15.3
