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本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装与配置LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)的步骤。内容涵盖从源代码编译安装到相关依赖库的安装,以及配置LAMMPS的运行环境,为用户提供了全面的Ubuntu LAMMPS安装教程。
本文目录导读:
LAMMPS(Large-scale AtoMic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款开源的分子动力学模拟软件,广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域,在Ubuntu操作系统下安装和配置LAMMPS,可以让我们充分利用Linux系统的稳定性和高性能,下面将详细介绍在Ubuntu下安装和配置LAMMPS的步骤。
安装依赖
1、安装编译器
在终端中输入以下命令,安装编译器gcc和g++:
sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential
2、安装并行计算库
LAMMPS支持并行计算,因此需要安装MPI(Message Passing Interface)库,在终端中输入以下命令,安装OpenMPI:
sudo apt-get install libopenmpi-dev
3、安装其他依赖库
LAMMPS还需要以下依赖库:libfftw3-dev、libjpeg-dev、libpng-dev,在终端中输入以下命令,安装这些库:
sudo apt-get install libfftw3-dev libjpeg-dev libpng-dev
下载LAMMPS源代码
1、访问LAMMPS官网(https://lammps.sandia.gov/),在“Download”页面下载最新版本的源代码。
2、将下载的文件解压到指定目录,
tar -zxvf lammps-2021-11-10.tar.gz -C /opt/lammps-2021-11-10
编译LAMMPS
1、进入LAMMPS源代码目录:
cd /opt/lammps-2021-11-10/src
2、创建一个名为“makefile”的文件,并输入以下内容:
CC = mpicc CXX = mpicxx AR = ar RANLIB = ranlib OUTPUT = -O3 DEBUG = -g -DDEBUG Precision = -DLAMMPS Grande package = yes suffix =
3、编译LAMMPS:
make yes-all make
4、编译成功后,在“src”目录下会生成一个名为“lmp”的可执行文件。
配置LAMMPS环境
1、在终端中输入以下命令,创建一个名为“lammps”的配置文件:
sudo nano /etc/profile.d/lammps.sh
2、在配置文件中输入以下内容:
export LAMMPS_ROOT=/opt/lammps-2021-11-10 export PATH=$PATH:$LAMMPS_ROOT/src
3、保存并退出配置文件。
4、在终端中输入以下命令,使配置文件生效:
source /etc/profile.d/lammps.sh
测试LAMMPS
1、在终端中输入以下命令,运行LAMMPS:
lmp
2、如果出现LAMMPS的命令行界面,则表示安装和配置成功。
至此,我们已经完成了在Ubuntu下安装和配置LAMMPS的步骤,下面是50个与本文相关的中文关键词:
Ubuntu, LAMMPS, 安装, 配置, 编译, 依赖库, MPI, OpenMPI, FFTW, JPEG, PNG, 源代码, 编译器, 环境变量, 路径, 命令行, 分子动力学, 模拟, 材料科学, 生物物理, 化学, 计算机模拟, 高性能计算, 并行计算, 大规模模拟, 软件安装, 软件配置, Linux, 操作系统, 科学计算, 源码编译, 软件包, 编译选项, 安装指南, 配置指南, 系统配置, 软件优化, 软件性能, 硬件要求, 安装问题, 配置问题, 使用技巧, 应用领域, 学术研究, 模拟工具
本文标签属性:
安装Ubuntu LAMMPS:安装Ubuntu acpi bios error
Ubuntu LAMMPS 配置:ubuntu配置bond4 lacp