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本文提供了在openSUSE系统中详细配置LAMMPS的步骤指南,旨在帮助用户高效地在openSUSE环境下使用LAMMPS进行物理模拟。内容包括安装依赖、编译LAMMPS源码、以及常见问题解决方案,为openSUSE用户提供了实用的配置教程。
本文目录导读:
LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款强大的分子动力学模拟软件,广泛应用于物理、化学、材料科学等领域,本文将详细介绍如何在openSUSE系统下配置LAMMPS,帮助读者顺利搭建起自己的分子动力学模拟环境。
准备工作
1、安装openSUSE系统
确保您的计算机已经安装了openSUSE系统,openSUSE是一款优秀的开源操作系统,具有良好的稳定性和性能。
2、安装编译环境
在openSUSE系统中,您需要安装以下编译环境:
sudo zypper install gcc gcc-c++ make
3、下载LAMMPS源码
访问LAMMPS官方网站(https://lammps.sandia.Gov/),下载最新版本的LAMMPS源码,本文以2021年9月发布的LAMMPS 2021-09-24版本为例。
编译LAMMPS
1、解压LAMMPS源码
将下载的LAMMPS源码压缩包解压到指定目录,
tar -zxvf lammps-2021-09-24.tar.gz -C /opt/lammps
2、编译LAMMPS
进入LAMMPS源码目录,执行以下命令:
cd /opt/lammps/lammps-2021-09-24/src make yes-all make
编译过程中,可能会出现一些依赖关系问题,根据提示安装相应的依赖库。
3、检查编译结果
编译完成后,进入src目录,执行以下命令检查LAMMPS是否编译成功:
./lmp_serial -help
如果出现LAMMPS的帮助信息,说明编译成功。
配置LAMMPS
1、配置LAMMPS参数
在LAMMPS源码目录下,创建一个名为lammps_input的文件夹,用于存放LAMMPS的输入文件,进入lammps_input文件夹,创建一个名为in.lammps的输入文件,输入以下内容:
units metal atom_style atomic boundary p p p neighbor 2.0 bin neighlist 2.0 bin kspace pppm 1.0e-4 read_data data.lammps pair_style lj/cut 2.5 pair_coeff * * 1.0 1.0 2.5 velocity all create 300.0 123456 fix 1 all nve thermo 100 dump 1 all atom 100 dump.lammps run 1000
这里仅提供了一个简单的例子,您可以根据自己的需求修改输入文件。
2、运行LAMMPS
在lammps_input文件夹中,执行以下命令运行LAMMPS:
mpirun -np 4 /opt/lammps/lammps-2021-09-24/src/lmp_serial < in.lammps > log.lammps
mpirun是openSUSE系统中用于并行计算的命令,-np 4表示使用4个进程进行计算。
注意事项
1、LAMMPS编译时,可以根据需要选择不同的编译选项,以优化性能,具体编译选项可参考LAMMPS官方文档。
2、LAMMPS运行时,需要根据实际硬件配置调整进程数,过多或过少的进程数都会影响计算性能。
3、LAMMPS的输入文件需要根据具体问题进行修改,以达到预期的模拟效果。
4、在使用LAMMPS进行模拟时,建议熟悉分子动力学基本原理和相关理论知识。
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本文标签属性:
配置教程:交换机配置教程
openSUSE LAMMPS 配置:opensuse ssh