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本文详细介绍了在openSUSE系统中安装与配置LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)的步骤,包括环境准备、软件安装、依赖项解决及配置过程,旨在帮助用户高效地在openSUSE平台上使用LAMMPS进行原子尺度模拟。
本文目录导读:
LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款高性能的分子动力学模拟软件,广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域,本文将详细介绍在openSUSE系统中如何安装和配置LAMMPS,帮助读者快速上手。
安装依赖
在openSUSE系统中,首先需要安装LAMMPS所需的依赖库,打开终端,输入以下命令:
sudo zypper install git cmake gcc gcc-c++ boost boost-devel fftw3 fftw3-devel
这些命令将安装Git、CMake、GCC编译器、Boost库和FFTW库,这些是编译LAMMPS所必需的。
下载LAMMPS源代码
1、打开终端,切换到合适的目录,
cd ~ mkdir lammps cd lammps
2、使用Git克隆LAMMPS的源代码仓库:
git clone https://github.com/lammps/lammps.git
3、切换到lammps目录:
cd lammps
编译LAMMPS
1、创建一个构建目录:
mkdir build cd build
2、使用CMake配置项目:
cmake ..
默认情况下,CMake会检测系统中的依赖库,并生成Makefile,如果需要自定义编译选项,可以在CMake命令后添加相应的参数。
3、编译LAMMPS:
make
编译完成后,会在build目录下生成lammps可执行文件。
配置LAMMPS
1、打开终端,切换到lammps目录:
cd ~ cd lammps
2、创建一个配置文件:
touch lammps_input.in
3、使用文本编辑器打开配置文件,输入以下内容:
LAMMPS输入文件 units metal dimension 3 boundary p p p atom_style atomic neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes 创建原子系统 region box block 0 10 0 10 0 10 create_box 1 box create_atoms 1 box 设置原子类型 mass 1 1.0 设置初始速度 velocity all create 300 87287 loop yes 设置相互作用 pair_style lj/cut 2.5 pair_coeff 1 1 1.0 1.0 2.5 设置时间步长 timestep 0.001 设置热浴 thermo 100 thermo_style custom step temp press etotal fix 1 all nve
4、保存并关闭配置文件。
运行LAMMPS
1、在终端中,切换到lammps目录:
cd ~ cd lammps
2、运行LAMMPS:
./build/lammps < lammps_input.in > lammps_output.out
lammps_input.in是输入文件,lammps_output.out是输出文件。
本文详细介绍了在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS的步骤,通过以上步骤,用户可以顺利地在openSUSE系统中搭建LAMMPS环境,并进行分子动力学模拟。
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本文标签属性:
配置指南:配置教程
openSUSE LAMMPS 配置:opensuse ssh