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[Linux操作系统]openSUSE系统中LAMMPS的详细配置指南|opensuse使用教程,openSUSE LAMMPS 配置,openSUSE系统下LAMMPS配置全攻略,从入门到精通

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本文详细介绍了在openSUSE系统中安装与配置LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)的步骤,包括环境准备、软件安装、依赖项解决及配置过程,旨在帮助用户高效地在openSUSE平台上使用LAMMPS进行原子尺度模拟。

本文目录导读:

  1. 安装依赖
  2. 下载LAMMPS源代码
  3. 编译LAMMPS
  4. 配置LAMMPS
  5. 运行LAMMPS

LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款高性能的分子动力学模拟软件,广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域,本文将详细介绍在openSUSE系统中如何安装和配置LAMMPS,帮助读者快速上手。

安装依赖

在openSUSE系统中,首先需要安装LAMMPS所需的依赖库,打开终端,输入以下命令:

sudo zypper install git cmake gcc gcc-c++ boost boost-devel fftw3 fftw3-devel

这些命令将安装Git、CMake、GCC编译器、Boost库和FFTW库,这些是编译LAMMPS所必需的。

下载LAMMPS源代码

1、打开终端,切换到合适的目录,

cd ~
mkdir lammps
cd lammps

2、使用Git克隆LAMMPS的源代码仓库:

git clone https://github.com/lammps/lammps.git

3、切换到lammps目录:

cd lammps

编译LAMMPS

1、创建一个构建目录:

mkdir build
cd build

2、使用CMake配置项目:

cmake ..

默认情况下,CMake会检测系统中的依赖库,并生成Makefile,如果需要自定义编译选项,可以在CMake命令后添加相应的参数。

3、编译LAMMPS:

make

编译完成后,会在build目录下生成lammps可执行文件。

配置LAMMPS

1、打开终端,切换到lammps目录:

cd ~
cd lammps

2、创建一个配置文件:

touch lammps_input.in

3、使用文本编辑器打开配置文件,输入以下内容:

LAMMPS输入文件
units metal
dimension 3
boundary p p p
atom_style atomic
neighbor 2.0 bin
neigh_modify delay 0 every 1 check yes
创建原子系统
region box block 0 10 0 10 0 10
create_box 1 box
create_atoms 1 box
设置原子类型
mass 1 1.0
设置初始速度
velocity all create 300 87287 loop yes
设置相互作用
pair_style lj/cut 2.5
pair_coeff 1 1 1.0 1.0 2.5
设置时间步长
timestep 0.001
设置热浴
thermo 100
thermo_style custom step temp press etotal
fix 1 all nve

4、保存并关闭配置文件。

运行LAMMPS

1、在终端中,切换到lammps目录:

cd ~
cd lammps

2、运行LAMMPS:

./build/lammps < lammps_input.in > lammps_output.out

lammps_input.in是输入文件,lammps_output.out是输出文件。

本文详细介绍了在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS的步骤,通过以上步骤,用户可以顺利地在openSUSE系统中搭建LAMMPS环境,并进行分子动力学模拟。

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