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[Linux操作系统]openSUSE 系统下 LAMMPS 的详细配置指南|opensuse使用教程,openSUSE LAMMPS 配置,openSUSE系统下LAMMPS配置全攻略,从入门到精通

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本文详细介绍如何在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)。指南涵盖了从系统准备、安装依赖项,到编译和运行LAMMPS的完整步骤,旨在帮助用户在openSUSE环境顺利部署LAMMPS。

本文目录导读:

  1. 安装编译环境
  2. 下载 LAMMPS 源代码
  3. 编译 LAMMPS
  4. 运行 LAMMPS

LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款广泛使用的分子动力学模拟软件,支持多种粒子系统的模拟,本文将详细介绍如何在 openSUSE 系统下安装和配置 LAMMPS,帮助用户顺利开展分子动力学模拟工作。

安装编译环境

1、更新系统软件包

确保您的 openSUSE 系统已更新到最新版本,在终端中执行以下命令:

sudo zypper refresh
sudo zypper update

2、安装编译器

LAMMPS 需要编译器来编译源代码,在终端中执行以下命令安装编译器:

sudo zypper install gcc gcc-c++ make

3、安装其他依赖库

LAMMPS 还需要一些其他依赖库,如 FFTW、MPI 等,在终端中执行以下命令安装这些依赖库:

sudo zypper install fftw3 fftw3-mpi

下载 LAMMPS 源代码

1、访问 LAMMPS 官方网站(https://lammps.sandia.Gov/),下载最新版本的源代码。

2、将下载的源代码压缩包解压到指定目录,例如/home/username/lammps

编译 LAMMPS

1、进入 LAMMPS 源代码目录:

cd /home/username/lammps/src

2、创建一个名为Makefile 的文件,并写入以下内容:

Compiler flags
CC = mpicc
CXX = mpicxx
FC = mpif90
Compiler optimization flags
COPT = -O3 -fopenmp
FFTW library flags
FFT_INC = -I/usr/include
FFT_LIB = -L/usr/lib64 -lfftw3_mpi -lfftw3
MPI library flags
MPI_INC = -I/usr/include
MPI_LIB = -L/usr/lib64 -lmpi
LAMMPS source files
SOURCES = $(wildcard *.c) $(wildcard *.cu) $(wildcard *.f) $(wildcard *.h)
Object files
OBJS = $(SOURCES:.c=.o) $(SOURCES:.cu=.o) $(SOURCES:.f=.o)
Executable name
EXEC = lmp
all: $(EXEC)
$(EXEC): $(OBJS)
	$(CC) $(CXX) $(FC) $(LDFLAGS) -o $(EXEC) $(OBJS) $(FFT_LIB) $(MPI_LIB)
clean:
	rm -f $(OBJS) $(EXEC)

3、编译 LAMMPS:

make

编译完成后,您将在当前目录下看到一个名为lmp 的可执行文件。

运行 LAMMPS

1、创建一个名为in.lammps 的输入文件,写入以下内容:

units           metal
atom_style      atomic
boundary        p p p
lattice         fcc 4.05
region          box block 0 10 0 10 0 10
create_box      1 box
create_atoms    1 box
mass            1 63.546
neighbor        2.0 bin
neighlist       2.0 bin
pair_style      lj/cut 2.5
pair_coeff      1 1 1.0 2.5
velocity        all create 300 4928459
fix             1 all nve
thermo          10
dump            1 all atom 100 dump.lammps
run             100

2、运行 LAMMPS:

./lmp -in in.lammps

运行过程中,LAMMPS 将输出模拟结果,您可以通过dump 命令将结果保存到文件中。

本文详细介绍了在 openSUSE 系统下安装和配置 LAMMPS 的过程,通过遵循以上步骤,用户可以顺利安装 LAMMPS 并开展分子动力学模拟,在实际使用过程中,用户还需根据实际需求调整输入文件和参数,以获得更准确的模拟结果。

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