[Linux操作系统]Ubuntu 下 LAMMPS 的安装与配置详解|ubuntu lammps安装教程,Ubuntu LAMMPS 配置,Linux操作系统,云主机博士

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本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装与配置LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）的步骤。通过逐步指导，用户可以轻松完成安装，并掌握配置方法，为后续的分子动力学模拟工作打下坚实基础。

本文目录导读：

安装依赖
下载 LAMMPS 源代码
编译 LAMMPS
配置 LAMMPS
运行 LAMMPS

在科学计算领域，LAMMPS（Large-scale AtoMic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款非常强大的分子动力学模拟软件，本文将详细介绍如何在 Ubuntu 操作系统下安装和配置 LAMMPS，帮助读者快速上手。

安装依赖

在安装 LAMMPS 之前，需要先安装一些依赖库，打开终端，输入以下命令：

sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install libfftw3-dev
sudo apt-get install libmpich-dev mpich
sudo apt-get install libgsl-dev

这些命令将安装编译器、FFTW 库、MPI 库和 GSL 库，这些库是编译和运行 LAMMPS 所必需的。

下载 LAMMPS 源代码

前往 LAMMPS 官方网站（https://lammps.sandia.gov/）下载最新版本的源代码，将下载的压缩包解压到指定目录，例如/home/username/lammps。

编译 LAMMPS

在终端中，进入 LAMMPS 源代码目录，执行以下命令：

cd /home/username/lammps/src
make yes-all
make

make yes-all 命令会根据你的系统配置自动选择编译哪些功能模块。make 命令开始编译 LAMMPS。

编译完成后，在src 目录下会生成一个名为lmp 的可执行文件，该文件即为 LAMMPS 的主程序。

配置 LAMMPS

1、环境变量配置

为了让 LAMMPS 更方便地使用，可以将 LAMMPS 的安装路径添加到环境变量中，在终端中，输入以下命令：

sudo gedit /etc/profile

在打开的文件中，找到export PATH 行，将其修改为：

export PATH=$PATH:/home/username/lammps/src

保存并关闭文件，在终端中输入以下命令，使环境变量立即生效：

source /etc/profile

2、LAMMPS 参数配置

在 LAMMPS 的安装目录下，有一个名为lammps.src 的文件，该文件包含了 LAMMPS 的编译选项，根据需要，可以修改该文件中的参数，

LAMMPS_MACHINE：指定编译目标机器，通常为Linux。

LAMMPScharm：是否启用 Charm++ 并行框架。

LAMMPSpackage：启用或禁用某些功能模块。

修改完成后，重新编译 LAMMPS。

运行 LAMMPS

编译成功后，在终端中进入 LAMMPS 的安装目录，输入以下命令运行 LAMMPS：

lmp

在 LAMMPS 的命令行界面中，可以输入各种命令进行分子动力学模拟，加载一个数据文件：

read_data data.file

运行模拟：

run 1000

保存结果：

write_data output.file

本文详细介绍了在 Ubuntu 操作系统下安装和配置 LAMMPS 的过程，通过以上步骤，读者可以快速搭建一个 LAMMPS 模拟环境，进行分子动力学模拟研究。

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