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本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下配置LAMMPS的步骤，包括安装必要的依赖库、编译MPI并行环境以及安装和编译LAMMPS软件。通过清晰的步骤，指导用户在Ubuntu环境中高效地完成LAMMPS的配置。
本文目录导读：
LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）是一款广泛使用的开源分子动力学模拟软件，适用于各种材料科学、生物物理和化学领域的研究，在 Ubuntu 系统下配置 LAMMPS 可以让用户充分利用 Linux 系统的强大性能，以下是在 Ubuntu 下配置 LAMMPS 的详细步骤。
安装依赖
1、更新系统软件包
打开终端，输入以下命令更新系统软件包：
sudo apt update sudo apt upgrade
2、安装编译器
LAMMPS 需要编译器来编译源代码，因此需要安装 GCC 编译器：
sudo apt install build-essential
3、安装其他依赖
LAMMPS 还需要其他一些库，如 MPI、FFT 和 JPEG 等，可以通过以下命令安装：
sudo apt install libfftw3-dev libjpeg-dev mpich libmpich-dev
下载 LAMMPS 源代码
1、访问 LAMMPS 官方网站（https://lammps.sandia.gov/）下载最新版本的源代码。
2、将下载的源代码压缩包解压到指定目录，例如/home/username/lammps。
编译 LAMMPS
1、进入 LAMMPS 源代码目录：
cd /home/username/lammps/src
2、创建一个名为Makefile 的文件，用于指定编译选项，以下是一个示例 Makefile：
MPI parallel build options export CC = mpicc export FC = mpif90 export Machines = Linux export MPICC = mpicc export MPIFC = mpif90 export MPI_INC = -I/usr/include/mpich export mpi = yes export FFT_INC = -I/usr/include export FFT_LIB = -lfftw3 export JPEG_LIB = -ljpeg export precision = single export DEBUG = no export PKG = yes export建筑物= yes
3、编译 LAMMPS：
make
编译完成后，在src 目录下会生成一个名为lmp 的可执行文件。
运行 LAMMPS
1、将lmp 可执行文件移动到便于访问的目录，如/usr/local/bin：
sudo cp lmp /usr/local/bin/
2、运行 LAMMPS：
在终端输入以下命令运行 LAMMPS：
lmp
LAMMPS 会进入交互式命令行界面，可以输入各种命令进行分子动力学模拟。
配置 LAMMPS 脚本
LAMMPS 的输入脚本通常使用文本编辑器编写，以下是一个简单的示例脚本：
LAMMPS input script for a simple LJ system units lj atom_style atomic boundary p p p neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes read_data data.lj pair_style lj/cut 2.5 pair_coeff 1 1 1.0 1.0 2.5 velocity all create 1.0 4928459 loop geom fix 1 all nve thermo 10 dump 1 all atom 10 dump.lj run 100
将以上脚本保存为in.lj，然后在 LAMMPS 命令行界面输入以下命令运行：
lmp < in.lj
注意事项
1、编译 LAMMPS 时，可以根据需要选择不同的编译选项，如优化选项、并行选项等。
2、LAMMPS 支持多种分子动力学模拟方法，如 MD、DMD、REM 等，用户可以根据需求选择合适的方法。
3、LAMMPS 的输入脚本编写较为复杂，建议查阅官方文档和相关教程。
4、在运行大规模并行计算时，注意合理分配内存和计算资源。
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