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本文介绍了在Ubuntu 18操作系统下安装与配置GROMACS的方法。通过详细的步骤，指导用户如何顺利安装GROMACS，并进行了相应的配置，以实现高效的分子动力学模拟。
本文目录导读：
GROMACS是一款高性能的分子动力学模拟软件，广泛应用于生物物理、化学和材料科学等领域，在Ubuntu系统中安装GROMACS，可以让科研人员更加方便地进行分子动力学模拟，本文将详细介绍在Ubuntu系统下安装GROMACS的步骤。
安装前的准备工作
1、更新系统
在安装GROMACS之前，首先需要确保系统是最新的，打开终端，输入以下命令：
sudo apt update sudo apt upgrade
2、安装依赖包
GROMACS安装过程中需要一些依赖包，可以使用以下命令安装：
sudo apt install build-essential cmake git gfortran libfftw3-dev libopenmpi-dev libfftw3-3
安装GROMACS
1、下载GROMACS源代码
从GROMACS官方网站（http://www.gromacs.org/）下载最新版本的源代码，这里以2021版为例，下载命令如下：
wget http://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2021.2.tar.gz
2、解压源代码
tar -zxvf gromacs-2021.2.tar.gz
3、创建构建目录
mkdir gromacs-2021.2-build cd gromacs-2021.2-build
4、配置编译选项
cmake -DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2021.2 ..
这里使用了MPI和OpenMP并行计算支持，安装目录为/usr/local/gromacs-2021.2。
5、编译和安装
make -j4 sudo make install
这里使用4个线程进行编译，以提高编译速度。
6、配置环境变量
编辑~/.bashrc文件，添加以下内容：
export PATH=/usr/local/gromacs-2021.2/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/gromacs-2021.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH
保存并退出编辑器，然后运行以下命令使环境变量生效：
source ~/.bashrc
验证安装
在终端输入以下命令，查看GROMACS版本信息：
gmx version
如果返回正确版本信息，则表示GROMACS安装成功。
注意事项
1、安装过程中，请确保系统防火墙关闭，以免影响安装。
2、如果安装过程中遇到错误，可以查阅GROMACS官方文档或向其他科研人员请教。
3、安装完成后，建议使用较新的版本进行分子动力学模拟，以提高计算效率。
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Ubuntu：ubuntu安装教程
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