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本文详细介绍如何在Ubuntu操作系统下安装和配置LAmMPS，包括MPI环境的搭建。内容涵盖从安装必要的依赖包到编译LAMMPS及其并行版本，旨在帮助用户高效地完成LAMMPS在Ubuntu下的配置。
本文目录导读：
LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款强大的分子动力学模拟软件，广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域，在Ubuntu操作系统下配置LAMMPS，可以让科研工作者更高效地进行模拟计算，本文将详细介绍如何在Ubuntu系统中安装和配置LAMMPS。
安装依赖库
在安装LAMMPS之前，需要先安装一些依赖库，打开终端，输入以下命令：
sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential sudo apt-get install libfftw3-dev sudo apt-get install libmpich-dev mpich
这些命令将安装编译器、FFTW库（用于快速傅里叶变换）和MPI库（用于并行计算）。
下载LAMMPS源代码
访问LAMMPS官网（https://lammps.sandia.Gov/），下载最新版本的源代码，将下载的文件解压到指定目录。
编译LAMMPS
进入LAMMPS源代码目录，执行以下命令：
make yes-mpich make
这两条命令将使用MPI库编译LAMMPS，编译完成后，在目录中会生成一个名为lmp_mpi的可执行文件。
配置LAMMPS
1、创建配置文件
在LAMMPS源代码目录下，创建一个名为lammps.in的文本文件，用于配置LAMMPS，以下是一个示例配置文件：
LAMMPS input script for basic configuration units metal atom_style atomic boundary p p p neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes Pair style pair_style lj/cut 2.5 pair_coeff * * 1.0 1.0 2.5 Mass mass * 1.0 Initial structure region box block 0 10 0 10 0 10 create_box 1 box create_atoms 1 box
这个配置文件定义了LAMMPS的基本参数，如单位制、原子风格、边界条件、邻居搜索半径等。
2、运行LAMMPS
在终端中，进入LAMMPS源代码目录，输入以下命令运行LAMMPS：
./lmp_mpi -in lammps.in
LAMMPS将根据配置文件lammps.in进行计算，计算过程中，可以在终端中查看输出信息。
高级配置
1、添加包
LAMMPS支持多种计算包，可以根据需求添加，在lammps.in配置文件中，可以使用以下命令添加包：
package yes
2、使用KSpace计算
对于周期性系统，可以使用KSpace计算来加速计算，在lammps.in配置文件中，添加以下命令：
kspace_style pppm 1.0e-4 kspace_modify in度高 0.001
3、使用GPU加速
LAMMPS支持使用GPU进行加速计算，在编译LAMMPS时，需要添加GPU相关的编译选项，具体步骤如下：
（1）安装CUDA Toolkit：访问NVIDIA官网，下载并安装CUDA Toolkit。
（2）编译LAMMPS：在LAMMPS源代码目录下，执行以下命令：
make yes-gpu make
（3）在lammps.in配置文件中，添加以下命令：
package gpu off on 1 0
本文详细介绍了在Ubuntu系统中安装和配置LAMMPS的步骤，通过合理配置LAMMPS，可以提高计算效率，为科研工作提供有力支持。
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Ubuntu MPI 配置：ubuntu 20.04 配置
