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[Linux操作系统]Ubuntu系统下GROMACS的安装与配置教程|ubuntu安装gsl,Ubuntu GROMACS 安装,Ubuntu系统下GROMACS与GSL库联合安装与配置详解

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本文介绍了在Ubuntu操作系统与配置GROMACS的详细步骤,包括安装gsl库。教程涵盖从系统环境准备到GROMACS的编译与安装,为用户提供了便捷的安装指南。

本文目录导读:

  1. 安装前准备
  2. 安装GROMACS
  3. 配置环境变量
  4. 使用GROMACS

GROMACS一款高性能的分子动力学模拟软件,广泛应用于生物化学、物理学和材料科学等领域,在Ubuntu系统下安装GROMACS可以让我们充分利用Linux系统的稳定性和高效性,本文将详细介绍在Ubuntu系统下安装GROMACS的步骤,帮助您顺利搭建分子动力学模拟环境。

安装前准备

1、更新系统软件包

在安装GROMACS之前,首先确保您的Ubuntu系统已更新到最新版本,打开终端,输入以下命令:

sudo apt update
sudo apt upgrade

2、安装依赖软件包

GROMACS依赖于一些外部库和软件包,如CMake、GMXAPI、FFTW等,使用以下命令安装这些依赖:

sudo apt install cmake gromacs-data gromacs-mpich fftw-dev libfftw3-3

安装GROMACS

1、下载GROMACS源代码

访问GROMACS官网(https://www.gromacs.org/),找到最新版本的源代码下载链接,将下载链接复制到终端,使用wget命令下载源代码:

wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2022.2.tar.gz

2、解压源代码

下载完成后,使用以下命令解压源代码:

tar -zxvf gromacs-2022.2.tar.gz

3、编译安装GROMACS

进入解压后的文件夹,创建一个构建目录并切换到该目录:

cd gromacs-2022.2/
mkdir build && cd build

使用CMake配置安装路径和编译选项:

cmake ..

编译并安装GROMACS:

make -j4
sudo make install

这里使用-j4参数表示同时使用4个核心进行编译,您可以根据自己的CPU核心数调整该参数。

4、验证安装

安装完成后,输入以下命令验证GROMACS是否安装成功:

gmx version

如果返回了GROMACS的版本信息,则表示安装成功。

配置环境变量

为了让GROMACS在终端中全局可用,需要配置环境变量,打开终端,输入以下命令:

sudo nano ~/.bashrc

在打开的文件中,添加以下内容:

export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin
export GMXDATA=/usr/local/gromacs/share/gromacs/top

保存并关闭文件,然后输入以下命令使环境变量生效:

source ~/.bashrc

使用GROMACS

您已经成功安装了GROMACS,可以开始进行分子动力学模拟了,以下是一个简单的示例:

1、下载示例文件

wget https://www.gromacs.org/download/online_tutorials/amber_protein.tgz
tar -zxvf amber_protein.tgz

2、运行示例

cd amber_protein
gmx grompp -f md.mdp -c protein.gro -p topol.top -o md.tpr
gmx mdrun -v -deffnm md

等待模拟完成,您就可以分析结果了。

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Ubuntu GROMACS 安装:ubuntu安装gfortran

GROMACS GSL 配置gromacs中文手册

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