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本文介绍了在Ubuntu操作系统下安装与配置GROMACS的详细步骤，包括安装gsl库。教程涵盖从系统环境准备到GROMACS的编译与安装，为用户提供了便捷的安装指南。
本文目录导读：
GROMACS是一款高性能的分子动力学模拟软件，广泛应用于生物化学、物理学和材料科学等领域，在Ubuntu系统下安装GROMACS可以让我们充分利用Linux系统的稳定性和高效性，本文将详细介绍在Ubuntu系统下安装GROMACS的步骤，帮助您顺利搭建分子动力学模拟环境。
安装前准备
1、更新系统软件包
在安装GROMACS之前，首先确保您的Ubuntu系统已更新到最新版本，打开终端，输入以下命令：
sudo apt update sudo apt upgrade
2、安装依赖软件包
GROMACS依赖于一些外部库和软件包，如CMake、GMXAPI、FFTW等，使用以下命令安装这些依赖：
sudo apt install cmake gromacs-data gromacs-mpich fftw-dev libfftw3-3
安装GROMACS
1、下载GROMACS源代码
访问GROMACS官网（https://www.gromacs.org/），找到最新版本的源代码下载链接，将下载链接复制到终端，使用wget命令下载源代码：
wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2022.2.tar.gz
2、解压源代码
下载完成后，使用以下命令解压源代码：
tar -zxvf gromacs-2022.2.tar.gz
3、编译安装GROMACS
进入解压后的文件夹，创建一个构建目录并切换到该目录：
cd gromacs-2022.2/ mkdir build && cd build
使用CMake配置安装路径和编译选项：
cmake ..
编译并安装GROMACS：
make -j4 sudo make install
这里使用-j4参数表示同时使用4个核心进行编译，您可以根据自己的CPU核心数调整该参数。
4、验证安装
安装完成后，输入以下命令验证GROMACS是否安装成功：
gmx version
如果返回了GROMACS的版本信息，则表示安装成功。
配置环境变量
为了让GROMACS在终端中全局可用，需要配置环境变量，打开终端，输入以下命令：
sudo nano ~/.bashrc
在打开的文件中，添加以下内容：
export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin export GMXDATA=/usr/local/gromacs/share/gromacs/top
保存并关闭文件，然后输入以下命令使环境变量生效：
source ~/.bashrc
使用GROMACS
您已经成功安装了GROMACS，可以开始进行分子动力学模拟了，以下是一个简单的示例：
1、下载示例文件
wget https://www.gromacs.org/download/online_tutorials/amber_protein.tgz tar -zxvf amber_protein.tgz
2、运行示例
cd amber_protein gmx grompp -f md.mdp -c protein.gro -p topol.top -o md.tpr gmx mdrun -v -deffnm md
等待模拟完成，您就可以分析结果了。
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本文标签属性：
Ubuntu GROMACS 安装：ubuntu安装gfortran
GROMACS GSL 配置：gromacs2020
