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本文详细介绍在openSUSE系统中配置LAMMPS的步骤,包括openSUSE系统的网络设置以及LAMMPS的安装与优化。内容涵盖从系统环境准备到LAMMPS编译运行的完整过程,为用户提供了详尽的指南。
本文目录导读:
LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款强大的分子动力学模拟软件,广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域,本文将详细介绍如何在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS,帮助读者快速上手。
系统要求
在安装LAMMPS之前,请确保您的openSUSE系统满足以下要求:
1、操作系统:openSUSE Leap 15.2 或更高版本。
2、编译器:GCC 4.8 或更高版本。
3、数学库:BLAS和LAPACK库。
4、Python:Python 3.x(建议使用Python 3.6或更高版本)。
安装依赖
1、安装编译器和数学库:
sudo zypper install gcc gcc-c++ gcc-fortran lapack blas
2、安装Python:
sudo zypper install python3 python3-numpy python3-scipy
3、安装其他依赖:
sudo zypper install git cmake
下载LAMMPS源代码
1、访问LAMMPS官方网站(https://lammps.sandia.gov/)下载最新版本的源代码。
2、将下载的源代码包解压到指定目录:
tar -zxvf lammps-2021-11-15.tar.gz -C /path/to/installation/directory
编译LAMMPS
1、进入LAMMPS源代码目录:
cd /path/to/installation/directory/lammps-2021-11-15/src
2、创建一个构建目录:
mkdir build && cd build
3、使用CMake配置编译选项:
cmake ..
4、编译LAMMPS:
make -j $(nproc)
5、编译完成后,将生成的可执行文件lammps迁移到安装目录:
sudo cp lmp_.. /path/to/installation/directory/bin
配置LAMMPS
1、创建一个lammps输入文件:
touch lammps_input.in
2、编辑输入文件,添加以下内容:
units metal atom_style atomic boundary p p p lattice fcc 4.05 region box block 0 10 0 10 0 10 create_box 1 box create_atoms 1 box mass 1 63.5 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes velocity all create 300 123456 fix 1 all nve dump 1 all atom 10 dump.lammpstrj run 100
3、运行LAMMPS:
/path/to/installation/directory/bin/lmp_.. -in lammps_input.in
LAMMPS使用技巧
1、查看LAMMPS版本信息:
/path/to/installation/directory/bin/lmp_.. -version
2、查看LAMMPS支持的命令:
/path/to/installation/directory/bin/lmp_.. -help
3、查看LAMMPS的并行性能:
/path/to/installation/directory/bin/lmp_.. -bench
本文详细介绍了在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS的步骤,希望对读者有所帮助,通过掌握LAMMPS的基本操作,您可以开展一系列分子动力学模拟研究,为科学研究和工程应用提供有力支持。
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配置指南:配置教程
openSUSE LAMMPS 配置:opensuse ip配置