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[Linux操作系统]Ubuntu系统中GROMACS的安装与配置详解|ubuntu g++安装,Ubuntu GROMACS 安装,Ubuntu系统中GROMACS与g++编译器安装及配置全攻略

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本文详细介绍了在Ubuntu系统中安装与配置GROMACS的步骤,包括如何安装必要的依赖库g++,以及如何通过源代码编译安装GROMACS,为科研计算提供高效支持。

本文目录导读:

  1. 安装前的准备工作
  2. 安装GROMACS
  3. 配置GROMACS环境变量
  4. 验证安装
  5. 使用GROMACS进行模拟

在生物信息学、分子动力学模拟等领域,GROMACS(Groningen Machine for CheMical Simulation)是一款非常强大的开源软件,它主要用于蛋白质、脂质、核酸等生物大分子的模拟,本文将详细介绍如何在Ubuntu系统中安装GROMACS,并对其进行配置。

安装前的准备工作

1、更新系统

在安装GROMACS之前,首先确保你的Ubuntu系统是最新的,打开终端,输入以下命令:

sudo apt update
sudo apt upgrade

2、安装依赖

GROMACS的安装需要一些依赖库,我们可以使用以下命令安装:

sudo apt install cmake gfortran libfftw3-dev libopenmpi-dev openmpi-bin

安装GROMACS

1、下载GROMACS源代码

访问GROMACS的官方网站(http://www.gromacs.org/),找到最新版本的源代码,将下载链接复制到终端,使用wget命令下载源代码:

wget http://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2021.2.tar.gz

2、解压源代码

下载完成后,使用以下命令解压源代码:

tar -xvf gromacs-2021.2.tar.gz

3、编译安装

进入解压后的文件夹,创建一个构建目录并进入:

cd gromacs-2021.2
mkdir build && cd build

使用cmake命令配置编译选项:

cmake ..

编译并安装GROMACS:

make -j4
sudo make install

-j4表示使用4个线程进行编译,你可以根据你的CPU核心数调整这个参数。

配置GROMACS环境变量

为了让GROMACS在终端中全局可用,需要将其添加到环境变量中,打开终端,输入以下命令:

nano ~/.bashrc

在打开的文件中,添加以下内容:

export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin
export GMXLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/gromacs/lib

保存并退出文件,然后重新加载环境变量:

source ~/.bashrc

验证安装

在终端中输入以下命令,验证GROMACS是否安装成功:

gmx --version

如果返回了GROMACS的版本信息,则表示安装成功。

使用GROMACS进行模拟

安装完成后,你可以开始使用GROMACS进行分子动力学模拟,以下是一个简单的示例:

1、下载示例文件

wget http://www.gromacs.org/download.php?file=gmxdemo.tgz
tar -xvf gmxdemo.tgz

2、进入示例文件夹

cd gmxdemo

3、运行示例

gmx mdrun -deffnm example

等待模拟完成,你将得到一系列输出文件,包括轨迹文件、能量文件等。

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Ubuntu GROMACS 安装:ubuntu 安装 chromium

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