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本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装与配置LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)的方法,包括如何安装必要的依赖包、配置MPI环境以及编译安装LAMMPS。通过逐步指导,帮助用户顺利完成安装和配置,以支持高性能计算需求。
本文目录导读:
在科研和工程领域,分子动力学模拟是一种重要的研究方法,LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款高性能的分子动力学模拟软件,广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域,本文将详细介绍如何在 Ubuntu 系统下安装和配置 LAMMPS。
安装依赖
在安装 LAMMPS 之前,需要先安装一些依赖库,打开终端,输入以下命令:
sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential sudo apt-get install libfftw3-dev sudo apt-get install libmpich-dev mpich sudo apt-get install libgsl-dev
这些命令将安装编译器、FFTW(快速傅里叶变换库)、MPI(消息传递接口库)和 GSL(GNU 科学库)等依赖库。
下载 LAMMPS 源代码
前往 LAMMPS 官方网站(https://lammps.sandia.gov/)下载最新版本的源代码,将下载好的源代码压缩包解压到指定文件夹。
编译 LAMMPS
在解压后的文件夹中,打开终端,执行以下命令:
cd lammps-<version> # 替换 <version> 为实际版本号 make yes-mpich # 使用 MPI 编译 make
编译完成后,会在文件夹中生成一个名为lmp_ubuntu
的可执行文件。
配置 LAMMPS
1、设置环境变量
在终端中输入以下命令,打开~/.bashrc
文件:
gedit ~/.bashrc
在文件末尾添加以下内容:
export PATH=$PATH:/path/to/lammps/lammps-<version>/src export LAMMPS_PATH=/path/to/lammps/lammps-<version>/src
将/path/to/lammps/lammps-<version>/src
替换为 LAMMPS 源代码所在路径,保存并关闭文件。
2、设置 LAMMPS 参数
在终端中输入以下命令,打开lammps.in
文件:
gedit /path/to/lammps/lammps-<version>/src/lammps.in
根据实际需求,修改文件中的参数,如模拟盒尺寸、粒子类型、相互作用势等,保存并关闭文件。
运行 LAMMPS
在终端中输入以下命令,运行 LAMMPS:
lmp_ubuntu -in /path/to/lammps/lammps-<version>/src/lammps.in
LAMMPS 将开始运行,根据设置的参数进行分子动力学模拟。
本文详细介绍了在 Ubuntu 系统下安装和配置 LAMMPS 的过程,通过以上步骤,用户可以顺利地在 Ubuntu 系统上搭建一个 LAMMPS 模拟环境,为科研和工程应用提供有力支持。
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本文标签属性:
MPI 配置:mpi环境配置
Ubuntu LAMMPS 配置:ubuntu配置pcl