huanayun
hengtianyun
vps567
莱卡云

[Linux操作系统]Ubuntu 下 LAMMPS 的安装与配置详解|ubuntu配置mpi,Ubuntu LAMMPS 配置,Ubuntu系统下LAMMPS与MPI环境搭建全攻略

PikPak

推荐阅读:

[AI-人工智能]免翻墙的AI利器:樱桃茶·智域GPT,让你轻松使用ChatGPT和Midjourney - 免费AIGC工具 - 拼车/合租账号 八折优惠码: AIGCJOEDISCOUNT2024

[AI-人工智能]银河录像局: 国内可靠的AI工具与流媒体的合租平台 高效省钱、现号秒发、翻车赔偿、无限续费|95折优惠码: AIGCJOE

[AI-人工智能]免梯免翻墙-ChatGPT拼车站月卡 | 可用GPT4/GPT4o/o1-preview | 会话隔离 | 全网最低价独享体验ChatGPT/Claude会员服务

[AI-人工智能]边界AICHAT - 超级永久终身会员激活 史诗级神器,口碑炸裂!300万人都在用的AI平台

本文详细介绍了在Ubuntu操作系统下安装与配置LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)的方法,包括如何安装必要的依赖包、配置MPI环境以及编译安装LAMMPS。通过逐步指导,帮助用户顺利完成安装和配置,以支持高性能计算需求。

本文目录导读:

  1. 安装依赖
  2. 下载 LAMMPS 源代码
  3. 编译 LAMMPS
  4. 配置 LAMMPS
  5. 运行 LAMMPS

在科研和工程领域,分子动力学模拟是一种重要的研究方法,LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款高性能的分子动力学模拟软件,广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域,本文将详细介绍如何在 Ubuntu 系统下安装和配置 LAMMPS。

安装依赖

在安装 LAMMPS 之前,需要先安装一些依赖库,打开终端,输入以下命令:

sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install libfftw3-dev
sudo apt-get install libmpich-dev mpich
sudo apt-get install libgsl-dev

这些命令将安装编译器、FFTW(快速傅里叶变换库)、MPI(消息传递接口库)和 GSL(GNU 科学库)等依赖库。

下载 LAMMPS 源代码

前往 LAMMPS 官方网站(https://lammps.sandia.gov/)下载最新版本的源代码,将下载好的源代码压缩包解压到指定文件夹。

编译 LAMMPS

在解压后的文件夹中,打开终端,执行以下命令:

cd lammps-<version>  # 替换 <version> 为实际版本号
make yes-mpich       # 使用 MPI 编译
make

编译完成后,会在文件夹中生成一个名为lmp_ubuntu 的可执行文件。

配置 LAMMPS

1、设置环境变量

在终端中输入以下命令,打开~/.bashrc 文件:

gedit ~/.bashrc

在文件末尾添加以下内容:

export PATH=$PATH:/path/to/lammps/lammps-<version>/src
export LAMMPS_PATH=/path/to/lammps/lammps-<version>/src

/path/to/lammps/lammps-<version>/src 替换为 LAMMPS 源代码所在路径,保存并关闭文件。

2、设置 LAMMPS 参数

在终端中输入以下命令,打开lammps.in 文件:

gedit /path/to/lammps/lammps-<version>/src/lammps.in

根据实际需求,修改文件中的参数,如模拟盒尺寸、粒子类型、相互作用势等,保存并关闭文件。

运行 LAMMPS

在终端中输入以下命令,运行 LAMMPS:

lmp_ubuntu -in /path/to/lammps/lammps-<version>/src/lammps.in

LAMMPS 将开始运行,根据设置的参数进行分子动力学模拟。

本文详细介绍了在 Ubuntu 系统下安装和配置 LAMMPS 的过程,通过以上步骤,用户可以顺利地在 Ubuntu 系统上搭建一个 LAMMPS 模拟环境,为科研和工程应用提供有力支持。

以下是 50 个中文相关关键词:

LAMMPS, Ubuntu, 安装, 配置, 分子动力学, 模拟, 编译, 依赖库, FFTW, MPI, GSL, 环境变量, 参数设置, 模拟盒, 粒子类型, 相互作用势, 运行, 材料科学, 生物物理, 化学, 科研, 工程, 高性能, 源代码, 可执行文件, 模拟环境, 下载, 解压, 命令行, 终端, 系统配置, 软件安装, 编译器, 库, 路径, 参数文件, 运行参数, 模拟过程, 数据分析, 可视化, 优化, 调试, 错误处理, 用户手册, 社区支持, 更新, 版本, 功能, 扩展, 插件, 优化算法, 性能测试

bwg Vultr justhost.asia racknerd hostkvm pesyun Pawns


本文标签属性:

MPI 配置:mpi环境配置

Ubuntu LAMMPS 配置:ubuntu配置pcl

原文链接:,转发请注明来源!