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本文详细介绍如何在Ubuntu环境下配置LAMMPS（大规模原子/分子大规模并行模拟器）。指南涵盖从安装必要的依赖项到编译和测试LAMMPS的完整步骤，为科研工作者和开发者提供便捷的Ubuntu LAMMPS搭建教程。

本文目录导读：

安装依赖
下载LAMMPS源码
编译LAMMPS
配置LAMMPS

LAMMPS（Large-scale AtoMic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款强大的分子动力学模拟软件，广泛应用于材料科学、生物物理、化学等领域，在Ubuntu环境下配置LAMMPS，可以充分利用Linux系统的稳定性和高性能，本文将详细介绍在Ubuntu环境下安装和配置LAMMPS的步骤。

安装依赖

1、安装编译器

需要安装编译器，在终端中输入以下命令：

sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential

2、安装并行计算库

LAMMPS支持并行计算，需要安装MPI（Message Passing Interface）库，在终端中输入以下命令：

sudo apt-get install mpich libmpich-dev

3、安装其他依赖

LAMMPS还需要其他一些库，如BLAS、LAPACK、FFT等，在终端中输入以下命令：

sudo apt-get install libfftw3-dev libblas-dev liblapack-dev

下载LAMMPS源码

1、访问LAMMPS官网（https://lammps.sandia.gov/），在“Download”页面找到最新的稳定版本。

2、下载LAMMPS源码包，通常为.tar.gz格式。

3、将下载的源码包移动到Ubuntu系统中的合适位置。

编译LAMMPS

1、解压源码包

在终端中输入以下命令，解压LAMMPS源码包：

tar -zxvf lammps-<version>.tar.gz

<version>为LAMMPS的版本号。

2、进入解压后的目录

cd lammps-<version>

3、编译LAMMPS

在终端中输入以下命令，编译LAMMPS：

make yes-all
make

4、检查编译结果

编译完成后，在lammps-<version>/src目录下会生成lammps可执行文件，输入以下命令，检查编译结果：

./lammps-<version>/src/lmp_omp -echo log

如果出现类似“LAMMPS (19Sep2022)”的输出，则表示编译成功。

配置LAMMPS

1、创建配置文件

在lammps-<version>/src目录下创建一个名为lammps_input.in的文件，并输入以下内容：

units		metal
atom_style	atomic
boundary	p p p
neighbor	2.0 bin
neigh_list Cut
kspace		pppm 1.0e-5
read_data	data.lammps
pair_style	lj/cut 2.5
pair_coeff	* * 1.0 1.0
velocity	all create 300 12345
fix		1 all nve
run		100

2、修改配置文件

根据实际需求，修改lammps_input.in文件中的参数，更改原子类型、边界条件、邻居搜索范围等。

3、运行LAMMPS

在lammps-<version>/src目录下，输入以下命令运行LAMMPS：

./lammps-<version>/src/lmp_omp -in lammps_input.in

本文详细介绍了在Ubuntu环境下安装和配置LAMMPS的步骤，通过遵循以上步骤，用户可以成功安装LAMMPS并在Ubuntu环境下进行分子动力学模拟。

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