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[Linux操作系统]openSUSE系统下LAMMPS的详细配置指南|opensuse使用教程,openSUSE LAMMPS 配置,openSUSE系统下LAMMPS一键配置详解,从入门到精通

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本文详细介绍在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS(大规模原子/分子大规模并行模拟器)的步骤,包括安装依赖、编译源码及环境设置等,旨在帮助用户在openSUSE高效使用LAMMPS进行物理模拟。

本文目录导读:

  1. 系统环境
  2. 安装依赖
  3. 下载LAMMPS源代码
  4. 编译LAMMPS
  5. 配置LAMMPS
  6. 使用LAMMPS

LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款强大的分子动力学模拟软件,广泛应用于物理、化学、材料科学等领域,本文将详细介绍如何在openSUSE系统下安装和配置LAMMPS,帮助读者顺利开展相关研究。

系统环境

本文所使用的系统环境为openSUSE Leap 15.2,LAMMPS版本为最新稳定版,在开始安装和配置之前,请确保您的系统已经更新到最新版本。

安装依赖

LAMMPS依赖于一些外部库,因此在安装LAMMPS之前,需要先安装这些依赖库,以下是在openSUSE系统下安装依赖库的命令:

sudo zypper install git automake autoconf libtool libfftw3_3-dev libmpich-dev

下载LAMMPS源代码

访问LAMMPS官方网站(https://lammps.sandia.Gov/),下载最新稳定版的源代码,将下载的源代码文件解压到指定目录。

编译LAMMPS

1、切换到LAMMPS源代码目录:

cd /path/to/lammps/src

2、创建一个构建目录:

mkdir build && cd build

3、运行以下命令配置编译选项:

cmake ..

4、编译LAMMPS:

make

5、如果编译成功,您将在/path/to/lammps/src/build目录下找到一个名为lmp的可执行文件。

配置LAMMPS

1、创建一个名为.lammps的文件夹,用于存放LAMMPS的配置文件:

mkdir ~/.lammps

2、在.lammps文件夹中创建一个名为lammpsrc的文件,用于设置LAMMPS的运行参数,以下是一个示例配置文件:

#!/bin/bash
设置LAMMPS安装目录
export LAMMPS_DIR=/path/to/lammps
设置LAMMPS可执行文件路径
export PATH=$PATH:$LAMMPS_DIR/src/build
设置LAMMPS包路径
export LAMMPS_PACKAGES_DIR=$LAMMPS_DIR/packaging
设置LAMMPS Python模块路径
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:$LAMMPS_DIR/python/lammps
设置LAMMPS环境变量
export LAMMPSнарод=1
export LAMMPS народ=1
export LAMMPS народ=1

3、将.lammps/lammpsrc文件添加到您的.bashrc.bash_profile文件中,以便在每次打开终端时自动加载配置:

source ~/.lammps/lammpsrc

4、重新启动终端,输入以下命令验证LAMMPS配置是否成功:

lmp -echo log

如果终端输出类似于LAMMPS (20 Sep 2021)的信息,则表示LAMMPS配置成功。

使用LAMMPS

1、创建一个名为in.lammps的输入文件,用于描述您的模拟系统,以下是一个简单的输入文件示例:

2d Lennard-Jones potential simulation
units		metal
dimension	2
atom_style atom
boundary	p p f
neighbor	2.0 bin
neigh_modify_once yes
Create a box with 64 atoms
region		box block 0 10 0 10 -0.5 0.5
create_box	1 box
create_atoms	1 box
Set initial velocities
velocity	all create 1.44 87287 loop molecular
Define the Lennard-Jones potential
pair_style	lj/cut 2.5
pair_coeff	1 1 1.0 1.0 2.5
Integrate the system
fix		1 all nve
thermo		10
run		100

2、运行LAMMPS模拟:

lmp -in in.lammps

本文详细介绍了在openSUSE系统下安装和配置LAMMPS的过程,通过以上步骤,您可以顺利地在openSUSE系统上搭建起LAMMPS环境,开展分子动力学模拟研究。

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配置指南:配置详解

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